| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 854,257 | 2 bp→GA | intergenic (+1/‑11) | unknown → / → unknown | Phage FAD/FMN‑containing dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 854,257 | 0 | A | G | 100.0% | 254.9 / NA | 89 | intergenic (+1/‑12) | unknown/unknown | Phage FAD/FMN‑containing dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (50/39); total (50/39) | |||||||||||
| * | 1 | 854,258 | 0 | G | A | 100.0% | 243.3 / NA | 89 | intergenic (+2/‑11) | unknown/unknown | Phage FAD/FMN‑containing dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (50/39); total (50/39) | |||||||||||
GGTTTTATCGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGCGCGGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACGCAAAAGCTTTCAATCGGCACGGTCATTAAAGTCTATCCCGGTTGTGACGGACGGGCACAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCACATATGCCGACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGAGGGATTTGATTATGTTTGCATCAATTGCCTGGGCAATCGTTAAAATCGTCGCCTATGCCGTTGCCAGTTATTACATCAATCGGGCGTTCGGTAAGCGCGGCAGTAACGGACCGGAGGCAGCCAGCGCCAAGGATTTTAATTTTCCGCAAATCGACGAGGGTACGCCGCAGTGTGTGTTTTTCGGCGATTGCTGGACCGAGGATTGGCAGGTGCTGGCTTACGGCAACTACCGCACGAGCGAGA > 1/854014‑854500 || ggTTTTATTGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGGGCAGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGAttt > 1:73825/1‑251 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gTTTTATTGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGGGCAGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGAttta > 1:152032/1‑250 (MQ=255) gTTTTATTGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGGGCAGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGAttta > 1:460704/1‑250 (MQ=255) ttATTGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGGGCAGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGAtttatta < 1:815458/251‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |