| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 164,326 | 2 bp→AG | intergenic (‑8/+887) | unknown ← / ← unknown | Integrase/Uncharacterized protein YnbE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 164,326 | 0 | C | A | 100.0% | 232.7 / NA | 82 | intergenic (‑8/+888) | unknown/unknown | Integrase/Uncharacterized protein YnbE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (37/45); total (37/45) | |||||||||||
| * | 2 | 164,327 | 0 | T | G | 98.8% | 234.6 / NA | 82 | intergenic (‑9/+887) | unknown/unknown | Integrase/Uncharacterized protein YnbE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (37/44); minor base A (0/1); total (37/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCTCTAATTGCTCTTGCCTGCTGTAAGGAAATATCAGGGTATTTGCCAACGCCAATTAACGCCCTTTTCTTTGGTTGCGTGAAAGGCTTGTAATAGTTAAACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAACGGCGTGATTGTGCGTGCCATATTGCTTCTTTCTGAGAGTTGAAAACTGTTCTAAATAACTCCGACGGAGATTCAGACTTTTAAAAATTTGGATATAGCTAAAACATGAGCAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTAAACGTATAACTAAAATTCAAGGATTTTATAGGATTGGGTAGGAACGCTTAGGATATAAAAAAGCCCTTGAGGTTAAT > 2/164085‑164557 || aaaccccaaaaattctgaacccaaaaaagaaaaaaacgcagatggaagtggctaaaacaagtgacttttcaccaaaagccttaaaaaacctgaaacggaaaACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAATTCTgaga < 1:412820‑M2/150‑1 (MQ=255)aaaccccaaaaattctgaaacccaaaataaaaagaacgcagattgaagtggctaaaacaagtgttttttccccacaacccttaaaaaaactgaaacgggaaACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTgaga < 1:285485‑M2/150‑1 (MQ=255) acccacaaaaattctaaaccccaaaagaaaaagaacgcagatggaaggggctaaaacaagtgcctttccaccacaagctttaaaaaaactgaaacggaaaACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGagag < 1:175262‑M2/151‑1 (MQ=255) aaaaattctaaacccccaaataaaaagaacgcagattgaaggggctaaaaaaagtgacttttcaccacaagcctttaaaaaactaaaacgggaaACCGCCATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGaaa < 1:275843‑M2/157‑1 (MQ=255) 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ccATAACTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTCGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCt > 1:683896/1‑232 (MQ=255) aaCTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGt < 1:156251/251‑1 (MQ=255) aaCTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGt > 1:791578/1‑251 (MQ=255) aCTTAGCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAAc > 1:348429/1‑163 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gCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATAc > 1:626641/1‑250 (MQ=255) gCCCCATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATAc > 1:131982/1‑250 (MQ=255) ccccATTGGGTTTAACCAACAGATAAAGCCCTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCg < 1:778197/251‑1 (MQ=255) 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ccTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTa < 1:725993/251‑1 (MQ=255) ccTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTa < 1:642743/251‑1 (MQ=255) ccTTTGCCATCGGATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTa < 1:117256/251‑1 (MQ=255) 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ggATA‑GGGTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAgctgtctcttatacacatt > 1:559677/1‑232 (MQ=255) gggTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACg < 1:484768/119‑1 (MQ=255) gggTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGtat > 1:10230/1‑230 (MQ=255) gggTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTa < 1:104660/235‑1 (MQ=255) ggTAAATTCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGAtt > 1:680824/1‑208 (MQ=255) tCCTTTTCCTGCGGCTTGGCTTTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAAc < 1:870334/225‑1 (MQ=255) tggcttTGTCTATTTTCGTGCTGTTTAGCGGTGTGATTGTGCGTGCCATATCGCTTAGTTCTGAGAGTTGAAAATTATTCTGAATAACTCTGACGGCAATTCAGACTTTTAAAAAATCAGGTATAGCTAAAACATGAGTAAAACCTTTTGCTAACAGGTTTTGTATGGTTTTAGTTATACCGATTTTGTTATACGGCTATCAGTATAACTAAACGTATAACTAAAATTCAAGGATTTTATAGGATTggata < 1:832703/251‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |