| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,483,756 | 2 bp→AT | coding (705‑706/1281 nt) | unknown → | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,483,756 | 0 | G | A | 100.0% | 213.4 / NA | 77 | E235E (GAG→GAA) | unknown | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (38/39); total (38/39) | |||||||||||
| * | 1 | 1,483,757 | 0 | C | T | 100.0% | 217.7 / NA | 77 | L236L (CTG→TTG) | unknown | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (38/39); total (38/39) | |||||||||||
GCATTAGATGGCACATCCATTTCTATTCGTAAATTCAGTAAGAATAAAAAAACATTGCAAGAGCTTGTAAATTTTGGTTCTATGACTCGCGAAATGGCGAATTTCTTAATTATTGCTGCCAGATCCCGGGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCTGGTAAAACAACCTTACTTAATGCGCTATCTAACTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACACTAGAAGATACTGCCGAGCTGCGTTTGGAACAGCCTCATGTTGTACGCCTGGAAACGCGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAAGTTACTATGCAAGACTTAGTAATAAATGCATTGCGTATGCGTCCTGAGCGTATTATTGTGGGCGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAAATGTTACAAGCAATGAATACCGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATAGCCCTCGCGATGCA > 1/1483514‑1483987 || gcgttAGATGGTACATCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGttt > 1:437599/4‑251 (MQ=255) aGATGGTACATCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGaa > 1:883240/1‑250 (MQ=255) aTGGTACATCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAAc < 1:321550/249‑1 (MQ=255) aTGGTACATCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACaa > 1:144450/1‑250 (MQ=255) tggtacaTCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAAc > 1:652590/5‑248 (MQ=255) tggtacaTCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTAAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGa > 1:333926/5‑246 (MQ=255) gtacaTCCATTTCCATTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACaac > 1:277005/3‑247 (MQ=255) tccatttccattCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgt < 1:207061/251‑1 (MQ=255) tccatttccattCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgt < 1:290863/251‑1 (MQ=255) tccatttccattCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgt < 1:843206/251‑1 (MQ=255) tccatttccattCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgt < 1:450213/251‑1 (MQ=255) ccaTTCGTAAGTTCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGc < 1:508393/249‑1 (MQ=255) gttCAGTAAGAGTAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAAca > 1:384333/2‑249 (MQ=255) gagtAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGcc > 1:628033/4‑250 (MQ=255) gtAAAAAAAGCTTGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCgg > 1:46410/2‑250 (MQ=255) aaaaaagcttGCAAGAGCTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGaaa < 1:626718/226‑1 (MQ=255) cTTGTAAATTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGaggt > 1:579715/1‑248 (MQ=255) aTTTCGGTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATg < 1:815454/251‑1 (MQ=255) tttcggTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGc < 1:354902/247‑1 (MQ=255) gTTCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgt > 1:560235/1‑190 (MQ=255) tCTATGACCCGCGATATGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCAtgttg < 1:656595/190‑1 (MQ=255) cgataTGGCAAATTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAAt < 1:554324/246‑1 (MQ=255) aaaTTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCactacgta < 1:96476/250‑8 (MQ=255) aTTTTTTAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATg < 1:241731/251‑1 (MQ=255) tttttAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCg < 1:608606/248‑1 (MQ=255) tttttAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCg < 1:389156/248‑1 (MQ=255) ttAATTATCGCTGCCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTcc < 1:480766/251‑1 (MQ=255) gcCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATg > 1:311426/1‑234 (MQ=255) gcCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCg < 1:818038/236‑1 (MQ=255) gcCAGATCTCGAGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGCACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattat > 1:63340/1‑251 (MQ=255) cgagTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTAc < 1:409918/142‑1 (MQ=255) agTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGc > 1:722098/2‑145 (MQ=255) aaaTATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAAc < 1:100438/150‑1 (MQ=255) aaaTATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGcc < 1:493036/251‑1 (MQ=255) aaaTATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGc > 1:889650/1‑250 (MQ=255) atatAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCgt > 1:644994/1‑251 (MQ=255) ataATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCgtgg < 1:144208/251‑1 (MQ=255) gtggtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCAtt > 1:829725/1‑250 (MQ=255) gtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGc < 1:558827/171‑1 (MQ=255) gtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATg > 1:794791/1‑200 (MQ=255) gtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCg < 1:146158/202‑1 (MQ=255) gtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattatcgtaggt > 1:361783/1‑217 (MQ=255) gtACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCag > 1:334492/1‑250 (MQ=255) tACAGGATCCGGTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCaga < 1:494249/251‑3 (MQ=255) atccggTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTAc < 1:245260/247‑1 (MQ=255) cggTAAAACAACTCTCCTTAATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAg < 1:205371/250‑1 (MQ=255) actctccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac < 1:563851/245‑4 (MQ=255) ctccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacactgg > 1:103052/4‑245 (MQ=255) ccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGc < 1:679120/184‑1 (MQ=255) ccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacactggt > 1:102206/2‑243 (MQ=255) ttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCa > 1:519060/1‑250 (MQ=255) aTGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac > 1:475082/1‑238 (MQ=255) cTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattat < 1:422013/182‑1 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTa > 1:16537/1‑131 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattatcgtaggtg > 1:217916/1‑180 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTc < 1:471849/239‑1 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:188748/1‑251 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:216418/1‑251 (MQ=255) taattataTTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCaggat < 1:353327/132‑5 (MQ=255) taattataTTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGt > 1:473526/5‑251 (MQ=255) atatTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACg > 1:5915/1‑251 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATg < 1:451535/121‑1 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattatcgt > 1:300534/1‑168 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCa < 1:109779/228‑1 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTg > 1:483751/1‑250 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTg > 1:89481/1‑250 (MQ=255) aaCGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATac < 1:363174/250‑2 (MQ=255) tgtCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCt > 1:803416/1‑250 (MQ=255) gtCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGta < 1:763185/148‑1 (MQ=255) catcaCATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAg < 1:427258/194‑1 (MQ=255) catcaCATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggg < 1:298321/251‑3 (MQ=255) atcaCATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggga < 1:847545/251‑4 (MQ=255) cattAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCaggat > 1:835886/4‑100 (MQ=255) cattAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggg > 1:664584/4‑244 (MQ=255) cattAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCa > 1:846900/4‑251 (MQ=255) ttAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATATAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCa < 1:426233/248‑1 (MQ=255) agaTACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGt > 1:354185/1‑212 (MQ=255) || GCATTAGATGGCACATCCATTTCTATTCGTAAATTCAGTAAGAATAAAAAAACATTGCAAGAGCTTGTAAATTTTGGTTCTATGACTCGCGAAATGGCGAATTTCTTAATTATTGCTGCCAGATCCCGGGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCTGGTAAAACAACCTTACTTAATGCGCTATCTAACTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACACTAGAAGATACTGCCGAGCTGCGTTTGGAACAGCCTCATGTTGTACGCCTGGAAACGCGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAAGTTACTATGCAAGACTTAGTAATAAATGCATTGCGTATGCGTCCTGAGCGTATTATTGTGGGCGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAAATGTTACAAGCAATGAATACCGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATAGCCCTCGCGATGCA > 1/1483514‑1483987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |