| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 247,850 | 2 bp→TC | coding (424‑425/852 nt) | unknown → | Formate efflux transporter FocA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 247,850 | 0 | G | T | 100.0% | 187.2 / NA | 70 | V142S (GTT→TCT) | unknown | Formate efflux transporter FocA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (35/35); total (35/35) | |||||||||||
| * | 1 | 247,851 | 0 | T | C | 100.0% | 202.2 / NA | 70 | V142S (GTT→TCT) | unknown | Formate efflux transporter FocA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/35); total (35/35) | |||||||||||
GTGTGGGCGGTTCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGTGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTATGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGTACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGGTTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCATGGTGTGTATTGCCATTTGGATGACATACGCGGGAAAAACGTTAACAGATAAAGCCTTCATTATGATTTTACCGATTGCTTTGTTTGTGGCCTCAGGGTTTGAGCACAGTGTGGCGAATATGTTTATGATTCCGA > 1/247608‑248087 || gtgtGGGCGGTTCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGTGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTGTGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGTACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCa > 1:232433/1‑250 (MQ=255)gtgtGGGCGGTTCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGCGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTGTGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGCACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCa > 1:96511/1‑250 (MQ=255) gTTCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGTGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTGTGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGTACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTgg > 1:833555/1‑251 (MQ=255) tCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGTGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTGTGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGTACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTgggg > 1:231966/1‑251 (MQ=255) 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tttttATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCATGGTGTGTATTGCCATTTGGATGACATACGCGGGAAAAACGTTAACAGATAAAGCCTTCATTATGATTTTACCGATTGCTTTGTTTGTGGCCTCAGGGTTTGAGcac < 1:49368/251‑1 (MQ=255) tttttATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCATGGTGTGTATTGCCATTTGGATGACATACGCGGGAAAAACGTTAACAGATAAAGCCTTCATTATGATTTTACCGATTGCTTTGTTTGTGGCCTCAGGGTTTGAGcac < 1:679452/251‑1 (MQ=255) gTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCa < 1:514292/136‑1 (MQ=255) tttAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGTCTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCATGGTGTGTATTGCCATTTGGATGACATACGCGGGAAAAACGTTAACAGATAAAGCCTTCATTATGATTTTACCGATTGCTTTGTTTGTGGCCTCAGGGTTTGAGCACAGTGTGGCGa < 1:705228/251‑1 (MQ=255) 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GTGTGGGCGGTTCCTGGGGGTTGACGAAATTAGTCGGCGGGATCGTGTTCTCGTTAGGGGTCATTATGGTAGTGGTATGCGGCTCCGAGTTATTTACTTCTTCTACAATGACGACAGTTGCCCGTGCCGGTGGTCGTATCAGTACGTTTCAAATGCTGCGAAATTGGGTTGTAGTTTATTGTGGTAATTTCGTCGGCGCAATTTTTATTGTTTTAGTCATTTGGTTTTCCGGTCAGACAATGGTTGCTCACGGGCAGTGGGGGCTCACCATTTTAAGTACGGCGCAACATAAGATTCACCATACATGGATTGAAGCGTTCTGCTTAGGTATTTTATGTAATATCATGGTGTGTATTGCCATTTGGATGACATACGCGGGAAAAACGTTAACAGATAAAGCCTTCATTATGATTTTACCGATTGCTTTGTTTGTGGCCTCAGGGTTTGAGCACAGTGTGGCGAATATGTTTATGATTCCGA > 1/247608‑248087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |