| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,479,704 | 2 bp→CC | coding (515‑516/825 nt) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,479,704 | 0 | T | C | 100.0% | 131.5 / NA | 48 | I172T (ATT→ACC) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/19); total (29/19) | |||||||||||
| * | 1 | 1,479,705 | 0 | T | C | 100.0% | 128.7 / NA | 48 | I172T (ATT→ACC) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/19); total (29/19) | |||||||||||
AAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTATCTCTCCGAACGATCCTAGATTCTTTACATCCAGCCTAGATCCGAATCAAGAAGTTGCATATCGCATCTATGTTAAATCTGGTGATGATTACATTCTAAATACTATTTTAAGTGGAGACTATGTTGCTATCTATAGCCAACAAATTGCTTCAGATTCGCGCAACACTTATGATCGTAAAGATTTAGTTAAAATTTTAGGTAAAGTATTGGTTTTACAAGCAAGAAACTTTACTCAATCAACAGAACAAGGTGCTCCTGAAGCTGAAAAGGCAGCA‑GA‑CGGGATTCCAAACAATCAAGAATATGCTGGTTATGTAGCACTAAAAATAACTGCTGAACAAGCAAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCAAAGTTAGTTAT > 1/1479462‑1479941 || aaGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTATCTCTCCGAATGATCCTAGATTCTTTACTTCCAGCTTGAATCCAAGTCAAGAAGTCGCATATCGCATCTATGTTAGATCTGGCGATGATTACATTCTAAATACTATTTTAAGCGGAGACTATGTATCTGTTTATAGCCAGCAAACCGCTTCAg > 1:125742/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |