| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,479,310 | 2 bp→TC | coding (121‑122/825 nt) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,479,310 | 0 | C | T | 100.0% | 163.2 / NA | 59 | Q41S (CAG→TCG) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (38/21); total (38/21) | |||||||||||
| * | 1 | 1,479,311 | 0 | A | C | 100.0% | 162.3 / NA | 59 | Q41S (CAG→TCG) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (38/21); total (38/21) | |||||||||||
ACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAAT > 1/1479074‑1479553 || gattgccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCggaaac < 1:147695‑M2/30‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |