| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,478,627 | 2 bp→AG | coding (165‑166/231 nt) | unknown → | Flp pilus assembly protein, pilin Flp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,478,627 | 0 | G | A | 100.0% | 158.3 / NA | 60 | A55A (GCG→GCA) | unknown | Flp pilus assembly protein, pilin Flp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (40/20); total (40/20) | |||||||||||
| * | 1 | 1,478,628 | 0 | T | G | 100.0% | 163.6 / NA | 60 | L56V (TTG→GTG) | unknown | Flp pilus assembly protein, pilin Flp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (40/20); total (40/20) | |||||||||||
GAGCTATTCTACACTCTATATTAGAATTAATTATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTG > 1/1478431‑1478869 || gggctattctttgcttcattttgaaattaattATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAg > 1:880613/25‑250 (MQ=255) ggctattctttgcttcattttgaaattaattATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGc < 1:62568/227‑1 (MQ=255) ctattctttgcttcattttgaaattaattATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCaaa < 1:392439/230‑1 (MQ=255) tgaaattaattATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGa < 1:159307/248‑1 (MQ=255) gATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTgg > 1:886480/1‑249 (MQ=255) 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atcatCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTtagtaatc < 1:835872/247‑4 (MQ=255) tcatCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTtagt > 1:190674/4‑246 (MQ=255) cAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGATTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCttatta < 1:757379/232‑1 (MQ=255) 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cTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCggctt > 1:674379/1‑248 (MQ=255) tCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGACCTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGcttat > 1:430098/1‑251 (MQ=255) gTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCttatta > 1:869767/1‑178 (MQ=255) gTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTtag > 1:583085/1‑187 (MQ=255) 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ggttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGaatt > 1:779923/4‑248 (MQ=255) gttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc > 1:152763/3‑216 (MQ=255) tAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGc > 1:825586/1‑159 (MQ=255) gCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGctgctgg > 1:215862/1‑192 (MQ=255) 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tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGt > 1:312297/1‑210 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:866773/1‑251 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:156350/1‑251 (MQ=255) gattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:18966/2‑251 (MQ=255) || GAGCTATTCTACACTCTATATTAGAATTAATTATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTG > 1/1478431‑1478869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |