| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,136,904 | 2 bp→TA | coding (945‑946/1110 nt) | unknown ← | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,136,904 | 0 | G | T | 100.0% | 163.1 / NA | 59 | Q316N (CAA→AAT) | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (32/27); total (32/27) | |||||||||||
| * | 1 | 1,136,905 | 0 | G | A | 100.0% | 157.4 / NA | 59 | F315F (TTC→TTT) | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (32/27); total (32/27) | |||||||||||
AAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAAGATACTTTGTGCAATTTCCGAGCCGGCTTGTACCGTATCCGTTGGTTGGAAAGTTCCGCGTTTTGCTAATTGGGTAGATAGTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTACCGAAACGTTCCCAGAAATGATTATCTACATAGCCCGGAATACCGGTTCCGCCTAATTCATCGGTTGCGCCGGAATTAATGTTGATGATGATATTTTTCGGTGTACGGATTTCACTCCAGACTACAAATAAACGTTCTTCGCCTTGCTGA > 1/1136689‑1137130 || gagtgaaaTTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATaatg > 1:83435/6‑248 (MQ=255) tgaaaTTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCAc < 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ggCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTgccaacagtaaattggcattgaccgggagtttatgggctttacctgctttaaacgtactgacgttatcttcaaatatatcgccttttgccggttccggtggttggttagttaccgtgtcagttgtatctgtattctgaacatctgaaac < 1:199476‑M1/248‑150 (MQ=255) ggCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTgccaacagtaaattggcattgaccgggagtttatgggctttacctgctttaaacgtactgacgttatcttcaaatatatcgccttttgccggttccggtggttggttagttaccgtgtcagttg < 1:205200‑M1/223‑125 (MQ=255) gCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTgccaacagtaaattggcattgaccgggagtttatgggctttacctgctttaaacgtactgacgttatcttcaaatatatcgccttttgccggttccggtggttggttagttaccgtgtcagttgtatctgtattctgaacatctgaaacgg > 1:14698‑M1/1‑98 (MQ=255) || AAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAAGATACTTTGTGCAATTTCCGAGCCGGCTTGTACCGTATCCGTTGGTTGGAAAGTTCCGCGTTTTGCTAATTGGGTAGATAGTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTACCGAAACGTTCCCAGAAATGATTATCTACATAGCCCGGAATACCGGTTCCGCCTAATTCATCGGTTGCGCCGGAATTAATGTTGATGATGATATTTTTCGGTGTACGGATTTCACTCCAGACTACAAATAAACGTTCTTCGCCTTGCTGA > 1/1136689‑1137130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |