| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,136,728 | 2 bp→GG | intergenic (‑1/+11) | unknown ← / ← unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11/Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,136,728 | 0 | T | G | 98.7% | 225.2 / NA | 79 | intergenic (‑1/+12) | unknown/unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11/Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (45/33); total (46/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | 1 | 1,136,729 | 0 | A | G | 100.0% | 227.5 / NA | 79 | intergenic (‑2/+11) | unknown/unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11/Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (46/33); total (46/33) | |||||||||||
ATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAAGATACTTTGTGCAATTTCCGAGCCGGCTTGTACCGTATCCGTTGGTTGGAAAGTTCCGCGTTTTGCTAATTGGGTAGATAGTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCT > 1/1136486‑1136964 || atcggtttagtATCACTGATATAATCCCCACGATACTTGGCTAACGCCCTAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATAc < 1:147748/248‑1 (MQ=255) 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< 1:576314/206‑1 (MQ=255) gTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGt > 1:743968/1‑206 (MQ=255) aaTGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTAt < 1:361486/251‑1 (MQ=255) cTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCTCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATcagtc < 1:824023/251‑5 (MQ=255) 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1:849504/1‑251 (MQ=255) aTTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGt > 1:367161/1‑251 (MQ=255) ttGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGtt > 1:393779/1‑251 (MQ=255) tGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTtctccaggat > 1:414866/1‑156 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |