Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	1	1,134,112	2 bp→TA	coding (1584‑1585/1650 nt)	unknown ←	Type IV secretion system protein VirD4

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	1,134,112	0	G	T	100.0%	95.8 / NA	35	L529I (CTG→ATA)	unknown	Type IV secretion system protein VirD4
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*	1	1,134,113	0	T	A	100.0%	94.0 / NA	35	I528I (ATA→ATT)	unknown	Type IV secretion system protein VirD4
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (21/14);  total (21/14)

TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTT  >  1/1134069‑1134349                                            ||                                                                                                                                                                                                                                             tctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                                <  1:420535/243‑1 (MQ=255) 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                  ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATAttcttctg                                                               <  1:464836/202‑3 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTggtt                                                  >  1:684656/1‑212 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAg                                   >  1:858786/1‑230 (MQ=255) 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                   tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc             <  1:197858/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc             <  1:155298/251‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTGCCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                                <  1:287737/227‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                  >  1:795909/5‑165 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTgg                                                    <  1:79394/207‑2 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCa            >  1:371636/5‑251 (MQ=255) 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                              gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                  <  1:308318/155‑1 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGAt        >  1:894013/1‑245 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt  >  1:575570/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑