| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 905,405 | C→A | intergenic (‑1129/‑46) | unknown ← / → unknown | Acetyl‑coenzyme A carboxyl transferase alpha chain (EC 6.4.1.2)/5‑hydroxyisourate hydrolase (EC 3.5.2.17) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 905,405 | 0 | C | A | 93.8% | 31.6 / ‑4.4 | 16 | intergenic (‑1129/‑46) | unknown/unknown | Acetyl‑coenzyme A carboxyl transferase alpha chain (EC 6.4.1.2)/5‑hydroxyisourate hydrolase (EC 3.5.2.17) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (6/9); minor base G (1/0); total (7/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
GATTTATACTTTACACTAATCCTATGTCTAATAAAGTCCATCTTTGATTTTGAAATGAACAGGGAAATCGTATTTTTTTATAAATTTCTTTTTTCTATAGCGCTGTTTTATCTGAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAACAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAGGAGTGCCTGCACCGAATGTTGGAATTGAGTTGTATAAATTCAATGAAAAAACTGAGGATTGGGTGCAGGTGGCAAAAACTGTCACAGATG > 1/905167‑905646 | gaTTTATACTTTACACTAATCCTATGTCTAATAAAGTCCATCTTTGATTTTGAAATGAACAGGGAAATCGTATTTTTTTATAAATTTCTTTTTTCTATAGCGCTGTTTTATCTGAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTaa > 1:536124/1‑251 (MQ=255) ataCTTTACACTAATCCTATGTCTAATAAAGTCCATCTTTGATTTTGAAATGAACAGGGAAATCGTATTTTTTTATAAATTTCTTTTTTCTATAGCGCTGTTTTATCTGAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAAcc < 1:736521/250‑1 (MQ=255) tttttCTATAGCGCTGTTTTATCTGAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAatgatg > 1:142032/1‑234 (MQ=255) gAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATAcc > 1:472966/1‑244 (MQ=255) gAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAg > 1:124487/1‑251 (MQ=255) gtgtATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGa > 1:251945/1‑250 (MQ=255) aTTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAGAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATta > 1:15684/1‑251 (MQ=255) tCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAgg < 1:48936/251‑1 (MQ=255) aGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAg < 1:469412/158‑1 (MQ=255) tCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAACGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAGGAGTGCCTGCACCGAATGTTGGAATTGAGTTGTATAAATTCAATGAAAAAACTGAGGATTGGGTg < 1:424865/251‑1 (MQ=255) caTTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAAcc < 1:221896/48‑1 (MQ=255) caTTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATAc < 1:766370/149‑1 (MQ=255) caTTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAGGAGTGCCTGCAc < 1:304896/195‑1 (MQ=255) gtgAAATAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAGGAGTGCCTGCACCGAATGTTGGAATTGAGTTGTATAAATTCAATGAAAAAACTGAGGATTGGGTGCAGGTGGCAAAAACTGCCACAGATg > 1:596/1‑251 (MQ=255) aTAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGAc < 1:63823/146‑1 (MQ=255) aTAAAAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAgg < 1:580572/157‑1 (MQ=255) | GATTTATACTTTACACTAATCCTATGTCTAATAAAGTCCATCTTTGATTTTGAAATGAACAGGGAAATCGTATTTTTTTATAAATTTCTTTTTTCTATAGCGCTGTTTTATCTGAATAAATTCTGTATTGTGTATTTTATTCAGTGAGTAGACTAAGTCAATTTTAAAATAAATTTTAATTATTTGTTAAATTTGTGAACTAGATCACATTTATAATGGGAATTAAAATGTGAAATAACAGTCTAACCTAAAACCTTGTTTTAAAATTATACACGGAGGATTGAATGAATTTAAAGAGTAAAGTAGCTGGGCTAGCAATGATGTTTGTTGTATCAAGTAGTTTTGCTACAACATACCAGTTGAGTACGCATATTTTAGACATTAATAAAGGAGTGCCTGCACCGAATGTTGGAATTGAGTTGTATAAATTCAATGAAAAAACTGAGGATTGGGTGCAGGTGGCAAAAACTGTCACAGATG > 1/905167‑905646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |