| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 876,146 | G→A | A560T (GCC→ACC) | unknown → | Overcoming lysogenization defect protein Old |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 876,146 | 0 | G | A | 97.8% | 116.2 / NA | 46 | A560T (GCC→ACC) | unknown | Overcoming lysogenization defect protein Old |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (25/20); total (25/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAAAGGAAATATACCTTTGTACTTGAAATTATTAAATAAATTTAAGATAAAATATATCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGGCCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCA‑CCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGAGCGGGAGACGTTGGTAGTGGAGCAGGAAAAGAAGAAAGTGGCGCAACTG > 1/875907‑876384 | cAAAAGGAAATATACCTTTGTACTTGAAATTATTAAATAAATTTAAGATAAAATATATCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAatat < 1:343521/251‑1 (MQ=255) atatatCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAAt > 1:690860/1‑206 (MQ=255) atatatCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGaa > 1:316246/1‑251 (MQ=255) tCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAata > 1:158416/1‑251 (MQ=255) cTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAatatat > 1:622177/1‑193 (MQ=255) cTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAATc 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(MQ=255) aGCCTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCA‑CCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGAGCGGGAGACGTTGGTAGTGGAGCAGGAAAAGAAGAAAGTGGCGCAACTg > 1:869434/1‑250 (MQ=255) cTTTTCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCA‑CCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGa > 1:252756/1‑198 (MQ=255) ttttCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCACCCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGAGCGGGAGACGTTGGt < 1:27033/213‑1 (MQ=255) ttttCAGACCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCA‑CCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGAGCGGgag < 1:413455/204‑1 (MQ=255) | CAAAAGGAAATATACCTTTGTACTTGAAATTATTAAATAAATTTAAGATAAAATATATCACTATATATGATCAAGATCATCAAGATAGAAAATCTGAAAATGATAAAGCTGTTGCCACTAAACTGACTAATAAAATTTTATCTTCTATTGAAGAAGAGTTAGGTCATTCTATTATGCTTATAAATGACATTGAAGAAGAGCTTGGTTATGAATGTGGTAAATCAGGGAAGCCTTTTCAGGCCTTGCAATATATAAAATCTGATAGTTTTAAACTATCCCCAAGTTTTGAAGAAAAAATCAGAAAAATATATCAATAATCAAAATTATAATTGCTAGTTAATTGAAGTAAGAAAAATTTTAGGAGCCACCCATGCGGAAACTGCAAAACACGCTCTATATCA‑CCACTCAGGGCAGTTATCTGCATAAGGAGCGGGAGACGTTGGTAGTGGAGCAGGAAAAGAAGAAAGTGGCGCAACTG > 1/875907‑876384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |