| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 94,000 | T→C | S171G (AGT→GGT) | unknown ← | NADP‑specific glutamate dehydrogenase (EC 1.4.1.4) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 94,000 | 0 | T | C | 94.4% | 209.7 / ‑3.7 | 89 | S171G (AGT→GGT) | unknown | NADP‑specific glutamate dehydrogenase (EC 1.4.1.4) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (40/44); minor base G (0/5); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
ATATTGCGCCACGTTGCCGGAACCTGAAA‑CCGCCACGGTTTTGCCTTTTAAATCCTGACCTTTTTCCGCCAGCATGGCTTGTACGAAATAAACCAAGCCGTAACCGGTGGCTTCCGGACGAATTAAGCTACCGCCGAAGGTTAAGCCTTTACCGGTGAATACGCAGCCGGTTTGGTTAGAGAGTTTTTTCATCATGCCGGTTAAATAACCTACTTCACGACCGCCCACACTGATGTCTCCTGCCGGTATGTCGGTGTCCGGACCGATATGGCGATAAAGTTCCGCCATAAGCGCTTGACAGAAACGCATGACTTCCGCATCGCTTTTGCCTTTCGGATCGAAGTCGGAACCGCCTTTGGCGCCGCCCATCGGTAAGGTGGTTAGGGCGTTTTTGAAGATTTGTTCAAACCCTAAGAATTTTAAAATGGATTGGTTTACGGAAGGGTGAAAACGCATGCCGCCTTTGAACGGACCGAT > 1/93770‑94246 | atatTGCGCCACGTTGCCGGAACCTGAAA‑CCGCCACGGTTTTGCCTTTTAAATCCTGACCTTTTTCCGCCAGCATGGCTTGTACGAAATAAACCAAGCCGTAACCGGTGGCTTCCGGACGAATTAAGCTACCGCCGAAGGTTAAGCCTTTACCGGTGAATACGCAGCCGGTTTGGTTAGAGAGTTTTTTCATCATGCCGGTTAAATAACCTACTTCACGACCGCCCACACCGATGTCTCCTGCCGGTATGt > 1:694942/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |