| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 854,113 | T→G | S64A (TCA→GCA) | unknown → | Phage FAD/FMN‑containing dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 854,113 | 0 | T | G | 99.1% | 316.4 / ‑5.7 | 112 | S64A (TCA→GCA) | unknown | Phage FAD/FMN‑containing dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (53/58); minor base A (1/0); total (54/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CATATACGCTTTACGATACCGATTGCAAAGTCAAGCCCGGCAACTTTGTGGTGGCGGGGCTTACAATCAGCGCGATGGACGGGGCGTCCATCACCGTAAATCTGCCGGCAAACCTGCCGCAAGGCTGGTTTAATGCGGGTTTTATCGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGCGCGGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACGCAAAAGCTTTCAATCGGCACGGTCATTAAAGTCTATCCCGGTTGTGACGGACGGGCACAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCACATATGCCGACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGAGGGATTTGATTATGTTTGCATCAATTGCCTGGGCAATCGTTAAAATCGTCGCCTATGCCGTTGCCAGTTATTACATCAATCGGGCGTTCGGTAAGCGCGGCA > 1/853877‑854359 | cgtataCGCTTTATGATACCGATTGCAAGGTTAAGCCCGGCAATTTTGTGGTGGCGGGGCTTACAATTAGTGCGATGGACGGGGCGTCCATCACCGTAAATCTGCCGGCAAACCTGCCGCAAGGTTGGTTTAATGCAGGTTTTATTGAGTGGCAGGATGACGGCGTGCGCGAGGTGCGGGCAGTCACCGTGCATCAAAATAACAAGCTGACATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCAccgta > 1:875676/3‑247 (MQ=255) 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cATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGATTT‑ATTATGTTTGCATCAATTGCTTGGGCAATCGTTAAAATCGTCGCGTATACTGTTGCCAGTTATTACATCAAt > 1:833180/1‑250 (MQ=255) cATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGATTT‑ATTATGTTTGCATCAATTGCTTGGGCAATCGTTAAAATCGTCGCGTATACTGTTGCCAGTTATTACATCAAt > 1:283719/1‑250 (MQ=255) cATTAATGGGTGGCACACAAAAGCTTGCAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTCCGCACATGCCAACCAAATCGCCGTATGACGGTTCACGCGTGTTTTAGGAGGATTT‑ATTATGTTTGCATCAATTGCTTGGGCAATCGTTAAAATCGTCGCGTATACTGTTGCCAGTTATTACATCAATc < 1:533160/251‑1 (MQ=255) ttAATGGGTGGCACACAAAAGCTTACAATCGGCACCGTAATTAAAGTCTATCCGGGCTGTGACGGACGGGCGCAAACCTGTCTTAAAAAATTTAACAATATGCTTAATTTCGGCGGTATTc > 1:700645/1‑121 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |