| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 812,514 | T→C | intergenic (‑138/+11) | unknown ← / ← unknown | hypothetical protein/Shikimate 5‑dehydrogenase I gamma (EC 1.1.1.25) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 812,514 | 0 | T | C | 100.0% | 135.1 / NA | 49 | intergenic (‑138/+11) | unknown/unknown | hypothetical protein/Shikimate 5‑dehydrogenase I gamma (EC 1.1.1.25) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (25/24); total (25/24) | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |