| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 810,903 | C→T | intergenic (+170/‑64) | unknown → / → unknown | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 810,903 | 0 | C | T | 100.0% | 213.3 / NA | 79 | intergenic (+170/‑64) | unknown/unknown | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/51); total (28/51) | |||||||||||
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1:833830/152‑1 (MQ=255) gTTTTTTATGACTGCACTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTaaa > 1:363094/1‑251 (MQ=255) ttttATGACTGCACTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGgag < 1:278093/106‑1 (MQ=255) cTGCACTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTAt < 1:265619/179‑1 (MQ=255) cACTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCtatta < 1:283483/251‑1 (MQ=255) cTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGa < 1:647859/116‑1 (MQ=255) cTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAg > 1:768727/1‑233 (MQ=255) cTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTggg < 1:595799/251‑1 (MQ=255) tCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCTCCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGAt < 1:222938/251‑1 (MQ=255) cccTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAAc < 1:683225/110‑1 (MQ=255) ccccAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAg > 1:144874/1‑114 (MQ=255) ccccAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTggg < 1:645570/237‑1 (MQ=255) ccccAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGATCGGGagagag > 1:486185/1‑251 (MQ=255) ccccAAAGGGGAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGATCGGGagagag > 1:73805/1‑251 (MQ=255) ggggAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCatat > 1:738241/1‑99 (MQ=255) ggggAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAg > 1:127820/1‑119 (MQ=255) ggggAATGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGATCGGGAGAGAGCATGttt > 1:815007/1‑251 (MQ=255) tGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTatga > 1:316176/1‑125 (MQ=255) tGACTATGCTTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGGCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGATCGGGAGAGAGCATGTTTTTaa > 1:158945/1‑249 (MQ=255) | CGCTCACTTGCAATTTTCTTAACGAAAATTTTCGAACTCGCCATTTCATGGCTCAAACAGGCGAAAATTTCCTAAAAATTGCAAATCGCTCAGGCGGCTCAGATGGGGGCCCCCTGTTTTGTCGGAGCATCAAAAAAGTGCGGTACATTTTGAAATCGTTTTCTATCGTTGAAAACGCTTAAAAATACTGTTTTTTATGACTGCACTTCTGTTCCCTAAATTCCCCAAAGGGGAATGACTATGCCTAATCTAGGGTAACTTGTTACCCTAGGCAAAAAACACCAAGTCTATCTAGGAGATAATAACAAATGACTATAGTGAACCATATTATTCAAGTGATCGGGAAAGGGCGTTTTATGATGGTGAGTCTTTGCTGTATCCTAGTCACCGCCTGCGCCACCCCGCGCGAGCCCTTACCCGAGCCTTATGTTGCCGTTAAAGGGCAGCCCTATTATTGGGAGATCGGGAGAGAGCATGTTTTTAA > 1/810659‑811142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |