| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 783,728 | C→G | L68V (CTA→GTA) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 783,728 | 0 | C | G | 100.0% | 95.2 / NA | 34 | L68V (CTA→GTA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (18/16); total (18/16) | |||||||||||
TACCAATAATGAATAAAAGTGAGTTTAATATATTCAAATCACTAACAGATCTATTGAATGATGAAAAGTATAAGGGAAAAAATTTTAGACTATTCTCTCAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTCTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTAATTGAATATAATGGTTACGGACATAATATAGAAAATCCTGCTTATCGAGATATTCGCAAACAATATGCTTGTCAACAGGTTAATTTACCTTTAGTTATCTTTTATTTTAAAGATGATAAGAACGCAGCGATTGAAGAGAATAATAGAAAATTAGAAGAAGTTTCAAGAATTTTGCTTTCTCATACTGTTAGAAAATAATTCCATAAAGTG > 1/783519‑783967 | tACCAATAATGAATAAAAGTGAGTTTAATATATTCAAATCACTAACAGATCTATTGAATGATGAAAAGTATAAGGGAAAAAATTTTAGACTATTCTCTCAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTa < 1:182781/239‑1 (MQ=255) gAATAAAAGTGAGTTTAATATATTCAAATCACTAACAGATCTATTGAATGATGAAAAGTATAAGGGAAAAAATTTTAGACTATTCTCTCAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTgtag > 1:568195/1‑224 (MQ=255) 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1:609260/251‑1 (MQ=255) aTTCTCTCAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTAATTGAATATAAt > 1:434370/1‑160 (MQ=255) ctctcAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTgtag < 1:206356/140‑1 (MQ=255) ttGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTAATTGAATATAATGGTTACGGACATAATATAGAAAATCCTGCTTATCGAGATATTCGCAAACAATATGCTTGTCAACAGGTTAATTTACCTTTAGTTATCTTTTATTTTAAAGATGATAAg < 1:38710/251‑1 (MQ=255) ttGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTGTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTAATTGAATATAATGGTTACGGACATAATATAGAAAATCCTGCTTATCGAGATATTCGCAAACAATATGCTTGTCAACAGGTTAATTTACCTTTAGTTATCTTTTATTTTAAAGATGATAAg < 1:61902/251‑1 (MQ=255) 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TACCAATAATGAATAAAAGTGAGTTTAATATATTCAAATCACTAACAGATCTATTGAATGATGAAAAGTATAAGGGAAAAAATTTTAGACTATTCTCTCAAGTTGGACTTGGTGGCATTATAAATACAAAGACACCTTATAAATCAGCTTCTCAAAATGAGAAAAATGCTTTTTTGGCAATAAATTCATTAAGAGCTGATTTTATTATTCTAGATTGTTTGGGTTATCCTGTAGTACTAATTGAATATAATGGTTACGGACATAATATAGAAAATCCTGCTTATCGAGATATTCGCAAACAATATGCTTGTCAACAGGTTAATTTACCTTTAGTTATCTTTTATTTTAAAGATGATAAGAACGCAGCGATTGAAGAGAATAATAGAAAATTAGAAGAAGTTTCAAGAATTTTGCTTTCTCATACTGTTAGAAAATAATTCCATAAAGTG > 1/783519‑783967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |