| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 72,452 | G→T | P178T (CCA→ACA) | unknown ← | Cysteinyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.16) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 72,452 | 0 | G | T | 98.0% | 274.6 / ‑4.2 | 101 | P178T (CCA→ACA) | unknown | Cysteinyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.16) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (54/45); total (55/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TCATGCCGGAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGGATTTTTCTTGATTTCGTTAATTTCAATGCGCGCGCCCGCTTGTAATTGTTCCAAATCCTGACGGGACAATTTGCCGTAATCTTTGAAGCTTTCCACATCAAACATTACATCGCCGTTGTCCGCTACGTAGGCGTGTCCGCGTTGGATTAATTTCTGTACAATGTCAATGATTTCAGGAATATGGTGGGTGGCGCGCGGTTCAAAATCCGGACGCAAAATATTCAGCGCGTCAAAATCTTTATA > 1/72206‑72695 | tCATGCCGGAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGTAttt > 1:413028/1‑251 (MQ=255)tCATGCCGGAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGTAttt > 1:31178/1‑251 (MQ=255) tGCCGGAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGTAttttt > 1:811382/1‑250 (MQ=255) gAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGTATTTTTCTTGAt > 1:682011/1‑251 (MQ=255) 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TCATGCCGGAGTGTAGCCAATAGTTCACATATTGATTGCCGTGGGCACAGCAGGATTGGGCGATTTCGTTTTCGTGATGTGGGAACATGAGGTCGGAGCCGCCACCGTGAATGTCAAAATGCTCGCCTAATTGTTTGCTGTTCATGGCGGAGCATTCGATGTGCCAGCCTGGGCGCCCTTTGCCCCAAGGCGAGTCCCAGCTCGGTTCATTCGGTTTAGACATTTTCCATAACACGAAATCCATTGGATTTTTCTTGATTTCGTTAATTTCAATGCGCGCGCCCGCTTGTAATTGTTCCAAATCCTGACGGGACAATTTGCCGTAATCTTTGAAGCTTTCCACATCAAACATTACATCGCCGTTGTCCGCTACGTAGGCGTGTCCGCGTTGGATTAATTTCTGTACAATGTCAATGATTTCAGGAATATGGTGGGTGGCGCGCGGTTCAAAATCCGGACGCAAAATATTCAGCGCGTCAAAATCTTTATA > 1/72206‑72695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |