| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 713,729 | T→C | V301A (GTC→GCC) | unknown → | Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 713,729 | 0 | T | C | 96.5% | 130.1 / NA | 57 | V301A (GTC→GCC) | unknown | Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (25/30); minor base A (2/0); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGAAAACCGTAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGTTTCCACTTTAATTATGGCGGTAAAAG‑ACAAAGTCGGCGATATTGCCATTATGCGCACCCTCGGCGCCAATAACCGTTTCATTAAACGGATTTTTATTTGGTACGGCTTGCAGGC‑GGGCAT‑G‑AAAG‑‑‑GCTGCCTGA‑TTGGCATT‑GTGTTTGGCAT‑GATTTTAGCCTTGAATCTGACTCAATTAATTCAG‑TTA‑TTGGAAAACGCCATTGGTAAGAAATTGTTGTCCGACGGTATTTATTTCGTGGATTTTCTGCCGACGGAACTACATTGGCAAGATG > 1/713508‑713971 | aCTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGTTTCCACTTTAATTATGGCGGTAAAAA‑ACAAAACCGGCGGTATTGCCATTATTCGCAccccc > 1:696168/1‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |