| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 713,519 | T→C | V231A (GTA→GCA) | unknown → | Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 713,519 | 0 | T | C | 100.0% | 231.7 / NA | 81 | V231A (GTA→GCA) | unknown | Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/46); total (35/46) | |||||||||||
GTCCTCGGTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGCTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGTAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGTTTCCACTTTAATTATGGCGGTAAAAGACAAAGTCGGCGATATTGCCATTATGCGCACCCTC > 1/713275‑713757 | gTCCTCGGTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATc < 1:387799/250‑1 (MQ=255)gTCCTCGGTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATc < 1:558651/250‑1 (MQ=255) tCGGTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGttt < 1:176098/251‑1 (MQ=255) gTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAgt > 1:19797/1‑251 (MQ=255) gTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAgt > 1:552526/1‑251 (MQ=255) gTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAg < 1:438281/250‑1 (MQ=255) gTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGTTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAg < 1:499727/250‑1 (MQ=255) 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1:814040/1‑247 (MQ=255) gTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGtagc > 1:868935/1‑244 (MQ=255) gTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGAGTTGGTTATCGGGGTCGc > 1:629708/1‑247 (MQ=255) tGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATG‑‑TATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTaa > 1:270458/1‑250 (MQ=255) gCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCAc > 1:679008/1‑203 (MQ=255) tttGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACa < 1:796167/251‑1 (MQ=255) ttGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACAt < 1:836692/251‑1 (MQ=255) ttGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACAt > 1:62801/1‑251 (MQ=255) tGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACAtt > 1:579899/1‑251 (MQ=255) gCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGatt > 1:104553/1‑101 (MQ=255) ccGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGttt > 1:262176/1‑250 (MQ=255) 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aCTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGc > 1:320098/1‑150 (MQ=255) aCTGAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGTTTCCACTTTAATTATGGCGGTAAAAAACAAAACCGGCGGTATTGCCATTATTCGCAccccc > 1:696168/1‑248 (MQ=255) gAAAACCGCAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACAt > 1:901029/1‑183 (MQ=255) | GTCCTCGGTTCCGGTATTGCGCGGGATTTGGACGTGCAGGAAGGGGATTGGGTATCTTTGTTAATTTCCCAGCAAAAAGGCTCGGAAAATCTCACCCAGCCGTTGCGTGAACGTATTCAAGTGACCGGTATTCTACGTTTGGACGGTCAGTTGGATCACAGTTATGCTTTGATGCCGTTGGCACAGGCGCAGCAATTGATGAATTATCAGGCGGATCAGGTCACCGGCGTGGAACTGAAAACCGTAGATCCGTTTAGTGTGCAAAATATGGATTATTCCATGTTGCAGGATTATCCGCAGATGCTGTACCTGCAAAACTGGATCAGCAAATTTGGTTATATGTACCGCGATATTCAGCTGATCCGCACGGTGATGTATATCGCCATGGTGTTGGTTATCGGGGTCGCCTGTTTTAACATTGTTTCCACTTTAATTATGGCGGTAAAAGACAAAGTCGGCGATATTGCCATTATGCGCACCCTC > 1/713275‑713757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |