| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 63,403 | G→A | K25K (AAG→AAA) | unknown → | Ribosomal silencing factor RsfA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 63,403 | 0 | G | A | 99.2% | 298.3 / NA | 117 | K25K (AAG→AAA) | unknown | Ribosomal silencing factor RsfA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (59/57); total (59/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CGTTATTACAGGATTTGCCGAAGCCTTATCGATTAAAACGGCAAACCAATTTCAGCGCACAGAATAACAATCGCCGCAAACCGTTTCGCGCAAAACGCTAGCCAACAGATTGGCGTGTATTTTATTCAATGGTAAAATTTGCACCTTTTGTCAATTGAGGAAAAATAATGTCATTAGTCGATTTCGTGGTGAATAAACTGGATAATTTAAAAGCCACCGATATTTTATCGTTAAACGTGAAGGGAAAATCCTCCGTCACCGATACCATGATCCTTTGCACCGGCACCTCTTCCCGCCATGTGTCTTCTTTGGCGCAAAAATTAATTACCGAATGCAAACTTGCCGGTATCGACGTGTTCGGCGATGAAGGCAAGGAAACCGCCGATTGGGTGGTAGTGGATTTGGGTGACGCCATCGTACATATCATGCAGGCAGAAAGCCGCGAAATGTATCAGCTGGAAAAACTTTGGGCATAGAC > 1/63162‑63639 | cgTTATTACAGGATTTGCCGAAGCCTTATCGATTAAAACGGCAAACCAATTTCAGCGCACAGAATAACAATCGCCGCAAACCGTTTCGCGCAAAACGCTAGCCAACAGATTGGCGTGTATTTTATTCAATGGTAAAATTTGCACCTTTTGTCAATTGAGGAAAAATAATGTCATTAGTCGATTTCGTGGTGAATAAACTGGATAATTTAAAAGCCACCGATATTTTATCGTTAAACGTGAAAGGAAAAtc > 1:663731/1‑250 (MQ=255)cgTTATTACAGGATTTGCCGAAGCCTTATCGATTAAAACGGCAAACCAATTTCAGCGCACAGAATAACAATCGCCGCAAACCGTTTCGCGCAAAACGCTAGCCAACAGATTGGCGTGTATTTTATTCAATGGTAAAATTTGCACCTTTTGTCAATTGAGGAAAAATAATGTCATTAGTCGATTTCGTGGTGAATAAACTGGATAATTTAAAAGCCACCGATATTTTATCGTTAAACGTGAAAGGAAAAtc > 1:286468/1‑250 (MQ=255) attaCAGGATTTGCCGAAGCCTTATCGATTAAAACGGCAAACCAATTTCAGCGCACAGAATAACAATCGCCGCAAACCGTTTCGCGCAAAACGCTAGCCAACAGATTGGCGTGTATTTTATTCAATGGTAAAATTTGCACCTTTTGTCAATTGAGGAAAAATAATGTCATTAGTCGATTTCGTGGTGAATAAACTGGATAATTTAAAAGCCACCGATATTTTATCGTTAAACGTGAAAGGAAAATCCTCCg > 1:582415/1‑251 (MQ=255) attaCAGGATTTGCCGAAGCCTTATCGATTAAAACGGCAAACCAATTTCAGCGCACAGAATAACAATCGCCGCAAACCGTTTCGCGCAAAACGCTAGCCAACAGATTGGCGTGTATTTTATTCAATGGTAAAATTTGCACCTTTTGTCAATTGAGGAAAAATAATGTCATTAGTCGATTTCGTGGTGAATAAACTGGATAATTTAAAAGCCACCGATATTTTATCGTTAAACGTGAAAGGAAAATCCTCCg > 1:699459/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |