| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 676,381 | T→G | L76L (CTA→CTC) | unknown ← | Peptide ABC transporter, ATP‑binding protein SapF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 676,381 | 0 | T | G | 100.0% | 209.0 / NA | 75 | L76L (CTA→CTC) | unknown | Peptide ABC transporter, ATP‑binding protein SapF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (32/43); total (32/43) | |||||||||||
CGATACGTTGCTTTTGGCTGACGGAAAGCGTATTGATTTTTATATTAGTGTGATCCGGGTGCATTCCTACGAGTTTTAAAATATCAAAAATTTTCTGATTGCGTTGCTGCTCATCAAATTTTGTCGTGAGAAGTAGGGGGGCATCCAGCACTTGACCAACATTTAGACGCGGATTAAAGGCGGTATTCGGATCTTGGAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACTAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAGGATTTTGTTAAATCTTCCACTTGTAATAACGGCATTTCTTATTCC > 1/676137‑676618 | cGATACGTTGCTTTTGGCTGACGGAAAGCGTATTGATTTTTATATTAGTGTGATCCGGGTGCATTCCTACGAGTTTTAAAATATCAAAAATTTTCTGATTGCGTTGCTGCTCATCAAATTTTGTCGTGAGAAGTAGGGGGGCATCCAGCACTTGACCAACATTTAGACGCGGATTAAAGGCGGTATTCGGATCTTGGAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAgggg < 1:412842/250‑1 (MQ=255) 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1:469291/101‑1 (MQ=255) ttGGAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGAc < 1:822540/179‑1 (MQ=255) ttGGAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAGGATTTTg > 1:288240/1‑251 (MQ=255) ggAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGAtg < 1:106591/84‑1 (MQ=255) tACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAGGATTTTGTTAAAt < 1:304731/251‑1 (MQ=255) cctccgCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAGGATTTTGTTAAAt < 1:590721/245‑1 (MQ=255) ccATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAggg > 1:599837/1‑153 (MQ=255) gCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTAc > 1:302793/1‑155 (MQ=255) atGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGc < 1:557023/215‑1 (MQ=255) 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> 1:648298/1‑244 (MQ=255) aTACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAgg < 1:756072/198‑1 (MQ=255) aTACGAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAg > 1:563692/1‑197 (MQ=255) | CGATACGTTGCTTTTGGCTGACGGAAAGCGTATTGATTTTTATATTAGTGTGATCCGGGTGCATTCCTACGAGTTTTAAAATATCAAAAATTTTCTGATTGCGTTGCTGCTCATCAAATTTTGTCGTGAGAAGTAGGGGGGCATCCAGCACTTGACCAACATTTAGACGCGGATTAAAGGCGGTATTCGGATCTTGGAATACCATGCGAATATGCTTGGCACGATAATGATAATCGCCGAATACTAGGGGATTGTCTTTAAACAAGATGTTTCCTGATGTGGGTTTTG‑TGATACCTACAATCATTTTTGCTAGGGTTGATTTTCCTGAACCGTTTCTTCCGATAATTGCCAGGGTGTTACCTGCTTCAAGACTAAAGCTGATTTGTTCCACAGCGTGAAAATAGCCGGAGCTAAAGAGGCCGAGGCTACCCTTAAAGGATTTTGTTAAATCTTCCACTTGTAATAACGGCATTTCTTATTCC > 1/676137‑676618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |