| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 671,693 | G→A | noncoding (1545/1545 nt) | unknown → | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 671,693 | 0 | G | A | 99.5% | 570.1 / ‑3.9 | 211 | noncoding (1545/1545 nt) | unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (100/110); minor base . (0/1); total (100/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GAATGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACGTACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGAAGACAAAATCCTGTTGGGTCTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGACCCACCACTTATACATCAAGAGCACTGAGTATGAGTGAAAGCCAAAGGATATGATTGGGGATATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCAC > 1/671510‑671938 | gAATGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACATACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGaa > 1:463635/1‑251 (MQ=18)gAATGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACATACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGaa > 1:79281/1‑251 (MQ=18) aaTGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACATACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGa < 1:737997/249‑1 (MQ=18) aTGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACATACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGAAGa > 1:477754/1‑251 (MQ=21) ggTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGTACCAGAAGTGGATAGCTGAACCGAGAGGGTGGCGTTTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACATACGAACGACTTTAAGTGTTCACACAGTTTGTTTGAT‑GGTTGTAGGCAATGGAAGAACGACATCGAAGACAAAAt > 1:583423/1‑250 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |