| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 651,306 | T→G | A164A (GCA→GCC) | unknown ← | Phosphoglycolate phosphatase (EC 3.1.3.18) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 651,306 | 0 | T | G | 93.8% | 199.2 / 2.8 | 82 | coding (492/666 nt) | unknown | Phosphoglycolate phosphatase (EC 3.1.3.18) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base G (29/47); minor base . (5/0); total (35/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TTTTACCAATCGTTTTTCAAGTTCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGCGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGTG‑CTTGTACGCCTAATTTTTCGAGGGTG‑TAACGGTAAATTGTCGGACCCGGTTTGCTGCG‑TTTAAATTGTTCGCCGCTGACGATAAAGTCAAAGTGCTGAATGATGCCGCATTCGGTCAGGATGTTTTGAATATGGTCGAGGTGAGAAGAGGAGGCGACCGCCAATTTGATACTGTTTTGCTTGGCGAAATCGATGATTTGCTGAATGTCGGCTCGGAAAATTGAACGGTAATCCACGGTGGCAAAA > 1/651063‑651552 | ttttACCAATCGTTTTTCAAGTTCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGTGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGGG‑CTTGTa < 1:693526/251‑1 (MQ=255)ttttACCAATCGTTTTTCAAGTTCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGTGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGGG‑CTTGTa < 1:602248/251‑1 (MQ=255) tACCAATCGTTTTTCAAGTTCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGTGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATGCCGAAAAAAAAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGCGGTTTTG‑G‑CTTTTACg > 1:253256/1‑250 (MQ=255) tCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGTGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATTCCGGAAAAAGAA‑ACTTCAATCGCTAC‑GGC‑GGTTTGGG‑CTTGTAc > 1:628251/1‑230 (MQ=255) 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> 1:216619/1‑226 (MQ=255) cTTG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGGG‑CTTGTACGCCTAATTTTTCGAGGGTG‑TAACGGTAAATTGTCGGACCCGGTTTGCTGCG‑TTTAAATTGTTCGCCGCTGACGATAAAGTCAAAGTGCTGAATGATGCCGCATTCGGTCAGGATGTTTTGAATATGGTCGAGGTGAGAAGAGGAGGCGACCGCCAATTTGATACTGTTTTGCTTGGCGAAATCGATGATTTGCTGAAt < 1:334306/250‑1 (MQ=255) ttG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGGG‑CTTGTACGCCTAATTTTTCGAGGGTG‑TAACGGTAAATGGTCGGACCCGGTTTGCTGCG‑TTTAAATTGTTCGCCGCTGACGATAAAGTCAAAGTGCTGAATGATGCCGCATTCGGTCAGGATGTTTTGAATATGGTCGAGGTGAGAAGAGGAGGCGACCGCCAATTTGATACTGTTTTGCTTGGCGAAATCGATGATTTGCTGAATGt < 1:437822/251‑1 (MQ=255) aaaaaaGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGGG‑CTTGTACGCCTAATTTTTCGAGGGTG‑TAACGGTAAATTGTCGGACCCGGTTTGCTGCG‑TTTAAATTGTTCGCCGCTGACGATAAAGTCAAAGTGCTGAATGATGCCGCATTCGGTCAGGATGTTTTGAATATGGTCGAGGTGAGAAGAGGAGGCGACCGCCAATTTGATACTGTTTTGCTTGGCGAAATCGATGATTTGCTGAATGTCGGCTCGGaa > 1:224184/1‑251 (MQ=255) 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TTTTACCAATCGTTTTTCAAGTTCAAAAAACACTTCCAAAATCCACCGCACTTTTTCTCAATAAACCGATTAATGATGCAACTGTTGAATAACGCGCAAGATTTCTTTCATGTCTTTACCGCAATAATCGGCTTCGGATTGGTCGATGAGCATGCGTTTTTCTTCGTAGGCGATGACGGGAATGCCGGCGGTTTTAGCGGCTTG‑AATGCCGAAAAAAGAA‑TCTTCAATCGCTAC‑GGC‑GTTTTGTG‑CTTGTACGCCTAATTTTTCGAGGGTG‑TAACGGTAAATTGTCGGACCCGGTTTGCTGCG‑TTTAAATTGTTCGCCGCTGACGATAAAGTCAAAGTGCTGAATGATGCCGCATTCGGTCAGGATGTTTTGAATATGGTCGAGGTGAGAAGAGGAGGCGACCGCCAATTTGATACTGTTTTGCTTGGCGAAATCGATGATTTGCTGAATGTCGGCTCGGAAAATTGAACGGTAATCCACGGTGGCAAAA > 1/651063‑651552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |