| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 603,742 | C→T | T197T (ACC→ACT) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 603,742 | 0 | C | T | 100.0% | 241.8 / NA | 90 | T197T (ACC→ACT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (40/50); total (40/50) | |||||||||||
TCTGGCGACGCAATATTCAGCGCAATTTCCGACCGCACTTTATGCCTCTGCCTTTGCTTATTTACAGCAGCAATCGGGCGTTGAAATTCTCTCAAAATTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGCGCCGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACCGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCGTATGTCGCGTATTCATGAGTTAATTACGGAATATGGTTTACAAGAGGTGACTTTTCCGCAAGATCATCGTCTGCGCTTTTTGGGTAACCCGCTGGATCATATTTTTATTCGCGGATTAAATGTCATCAACGCCACTACAGAAC > 1/603496‑603983 | tCTGGCGACGCAATATTCAGCGCAATTTCCGACCGCACTTTATGCCTCTGCCTTTGCTTATTTACAGCAGCAATCGGGCGTTGAAATTCTCTCAAAATTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGTGCTGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCAt < 1:162325/251‑1 (MQ=255) 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> 1:860065/1‑167 (MQ=255) ctctcAAAATTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGTGCTGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTAtt > 1:115784/1‑198 (MQ=255) aaaTTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGTGCTGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATc < 1:532834/202‑1 (MQ=255) aaaTTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGTGCTGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCg < 1:758543/251‑1 (MQ=255) 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1:393853/160‑1 (MQ=255) ctTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCGTATGTCGCGTATTCATGAGTTAATTACGGAATATGGTTTACAag < 1:609642/188‑1 (MQ=255) ctTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCGTATGTCGCGTATTCATGAGTTAATTACGGAATATGGTTTACAAGAGGTGACTTTTCCGCAAGATCATCGTCTGCGCTTTTTGGGTAACCCGCTGGATCATATTTTTa > 1:480004/1‑251 (MQ=255) gTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACTGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCGTATGTCGCGTATTCATGAGTTAATTACGGAATATGGTTTACAAGAGGTGACTTTTCCGCAAGATCATCGTCTGCGCTTTTTGGGTAACCCGCTGGATCATATTTTTATTCGCgg > 1:374039/1‑251 (MQ=255) 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TCTGGCGACGCAATATTCAGCGCAATTTCCGACCGCACTTTATGCCTCTGCCTTTGCTTATTTACAGCAGCAATCGGGCGTTGAAATTCTCTCAAAATTTCCACCGCACTTTTATTGCGCCGGTTCAAAACCGGAACCCTGGATCCGCATTCCGAAAGTCGGCGCCGCCATGAGTCTGCCTCTGGCGGGAGGAAAAAATCTCTTATTAGTCAACGTGCATTTAATTAATTTTGAATTAAACCCCACCGCATACGGCGAGCAACTACGCACGCTCATGCAACTTATTTCCCACCATCAGGGACCGTTAATTTTCGCCGGGGATTTTAATTCTTGGAGCAGTTACCGTATGTCGCGTATTCATGAGTTAATTACGGAATATGGTTTACAAGAGGTGACTTTTCCGCAAGATCATCGTCTGCGCTTTTTGGGTAACCCGCTGGATCATATTTTTATTCGCGGATTAAATGTCATCAACGCCACTACAGAAC > 1/603496‑603983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |