| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 587,207 | G→A | G525G (GGC→GGT) | unknown ← | DNA gyrase subunit A (EC 5.99.1.3) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 587,207 | 0 | G | A | 98.7% | 186.0 / NA | 74 | G525G (GGC→GGT) | unknown | DNA gyrase subunit A (EC 5.99.1.3) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (41/32); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTGATATACTTTCAGCCAGTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCGCCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCACTTCGGTTAAATAATAT > 1/586965‑587444 | aGTTGATATACTTTCAGCCAGCATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGCATCGTGGGTGTAGGCAACCAGAAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGCAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACTTCCGCGGGAAAGGAACACCACCACATCTTCTTGCGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAg > 1:669905/1‑250 (MQ=255) gATATACTTTCAGCCAGTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAAACTTCCAGATTTATATCACCGGAAgccgc > 1:696472/1‑250 (MQ=255) cAGTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTc < 1:561598/250‑1 (MQ=255) gTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTg > 1:645339/1‑250 (MQ=255) gTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTg > 1:708253/1‑250 (MQ=255) ataAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTgcg > 1:870643/1‑250 (MQ=255) gCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAAt < 1:828172/250‑1 (MQ=255) 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caccaccacATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTaaaa > 1:689472/1‑251 (MQ=255) ccaccacATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTgg < 1:774704/222‑1 (MQ=255) ccaccacATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATg > 1:488860/1‑251 (MQ=255) ccacATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATgg > 1:752976/1‑249 (MQ=255) caTCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAAt > 1:331340/1‑244 (MQ=255) tcttctTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAAt > 1:877363/1‑242 (MQ=255) tcttctTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGc < 1:696425/251‑1 (MQ=255) ttcttGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGc < 1:378452/136‑1 (MQ=255) ttcttGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCtt > 1:128578/1‑251 (MQ=255) tGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCAc < 1:119070/251‑1 (MQ=255) tGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCAc < 1:360679/251‑1 (MQ=255) tGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCAc < 1:657748/251‑1 (MQ=255) tGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCAc < 1:368705/251‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTc < 1:884343/180‑1 (MQ=255) ccAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCCCTTCGGTTAAATAatat < 1:384573/251‑1 (MQ=255) ccAGATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCACTTCGGTTAAATAatat < 1:346318/251‑1 (MQ=255) gATTTATATCACCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACaataa < 1:858464/127‑1 (MQ=255) | AGTTGATATACTTTCAGCCAGTATAAACGTCCGCGGCTGGAGAAGCAGAGAATGGTATCGTGGGTGTTGGCAACCAGTAATTTTTCGATAAAATCTTCTTCTTTCATTTTGGTTGCGGATTTACCTTTACCACCACGACGCTGTGCTTCGTAGTCGGTAATCGGTTGATATTTCACATAACCTTCGTGGGAAAGGGTCACCACCACATCTTCTTGGGCAATCAAATCTTCCAGATTTATATCGCCGGAAGCCGCCGTGATTTCGGTTCTGCGCGGATCGTTAAATTGCTCGCGGATTTGCTCCAATTCTTCACGAATCACTTCCATTAAACGCTCAGGGCTACGCAAGATGTACAATAATTTACCGATGGCATCCAATAATTTTTTGTATTCGTCCAGGATTTCATCGTGACCTAAATTGGTTAATTTTTGCAAACGTAAATCTAAAATGGCTTGTGCTTGCACTTCGGTTAAATAATAT > 1/586965‑587444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |