| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 579,250 | A→G | intergenic (‑163/‑130) | unknown ← / → unknown | Outer membrane receptor proteins, mostly Fe transport/Membrane protein LAPB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 579,250 | 0 | A | G | 100.0% | 111.9 / NA | 40 | intergenic (‑163/‑130) | unknown/unknown | Outer membrane receptor proteins, mostly Fe transport/Membrane protein LAPB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (20/20); total (20/20) | |||||||||||
AGAACATGCTGTGCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGAGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTGCGCTATGGGGCGCGTCGTTTG > 1/579026‑579493 | aGAACATGCTGTGCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGAt > 1:172510/1‑251 (MQ=255) gCTGTGCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTg > 1:424468/1‑250 (MQ=255) gtgCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtgaagtg < 1:233718/235‑1 (MQ=255) gtgCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtgaagtg < 1:227447/235‑1 (MQ=255) aTACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGAc < 1:403628/233‑1 (MQ=255) gcgcCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtg < 1:119334/221‑1 (MQ=255) gTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTa > 1:126765/1‑229 (MQ=255) tGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTAc < 1:296154/251‑1 (MQ=255) aTCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATggg < 1:280008/250‑1 (MQ=255) ttttATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTaaaa < 1:106369/251‑1 (MQ=255) gTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtga > 1:766313/1‑178 (MQ=255) ccTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGAt > 1:16358/1‑182 (MQ=255) gATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtgaag > 1:66471/1‑169 (MQ=255) gATTCTGGAAATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGAt < 1:436297/177‑1 (MQ=255) gATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTcc < 1:373598/183‑1 (MQ=255) aTTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAg < 1:827655/158‑1 (MQ=255) ttATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTagtgaag < 1:149908/139‑1 (MQ=255) ttATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTa > 1:274563/1‑251 (MQ=255) atatTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATg < 1:161748/251‑1 (MQ=255) tttgGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTAtg < 1:595500/251‑1 (MQ=255) ttgGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTAtgg < 1:366226/251‑1 (MQ=255) ttgGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTAtgg < 1:783110/251‑1 (MQ=255) gTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTAtggtgg > 1:597895/1‑251 (MQ=255) gAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTc < 1:398376/247‑1 (MQ=255) tGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATg < 1:557373/251‑1 (MQ=255) aTACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGtt > 1:614903/1‑251 (MQ=255) aCCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTaaattaaa > 1:803077/1‑251 (MQ=255) aCCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTaaattaaa > 1:506304/1‑251 (MQ=255) ccGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAattat > 1:362795/1‑251 (MQ=255) cGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCggg > 1:566204/1‑251 (MQ=255) gggTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTc < 1:135730/70‑1 (MQ=255) gggTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTgcg > 1:890185/1‑250 (MQ=255) gggTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTgcg > 1:352473/1‑250 (MQ=255) gCTTTTTAGTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTAtgg > 1:786557/1‑163 (MQ=255) gTTAATTAATTGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTgcgc < 1:437903/238‑1 (MQ=255) aattaattGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTg > 1:824625/1‑232 (MQ=255) aattaattGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTGCGCTATGGGGCGCGTCgtt > 1:318621/1‑251 (MQ=255) attaattGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTGCGCTATgg < 1:623789/239‑1 (MQ=255) ttaattGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTAt > 1:68056/1‑124 (MQ=255) ttaattGGGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCAACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTGCGCTATGGGGCGCGTCgtttg > 1:441788/1‑251 (MQ=255) | AGAACATGCTGTGCATACAGCGCCGTACAAATGAAAAATGCGATCTTGGTTTTTTTATACATAGTATTTCCTCAGATTCTGGCCATAGATAAAAACGATTCGCATTATATTTTTGTTTGGTTTAATGTAAAGAATAAATTTATAAAATATTTGATACAAAATTTTGTAACTTTGACTACCTTCCGTAGCGAAATATCCAGGGTAGCTTTTTAGTTAATTAATTGAGTTCATGTTTTAGTGAAGTGACAGATTAAGTGCGGTGGTTTTTCCTCGTGTTTTTACGGCGCATGGGCGCATTTAAAATAACAAGGCTTTTTGCTATAATCTGGCGCTTAATTTATTGAATCGATTTTTATGGGGTTTATGGTGGCAACGTTCCATTTTCCGACATTTCATGAAATGTTTCCCGTTGAAAAACGTAAATTAAAATTATTGCGGGAAGGGTTGCGCTATGGGGCGCGTCGTTTG > 1/579026‑579493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |