| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 575,748 | G→A | A299V (GCC→GTC) | unknown ← | Probable zinc protease pqqL (EC 3.4.99.‑) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 575,748 | 0 | G | A | 98.7% | 189.0 / NA | 75 | A299V (GCC→GTC) | unknown | Probable zinc protease pqqL (EC 3.4.99.‑) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (28/46); minor base C (0/1); total (28/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGTCGGCGGTAAATCCATGTTGTTTAATTTCGGCGATAAAAGCAAAAAGTGCGGTGATATTTTTTAAATAATTGGTATCGATTAATTGCAAGGAAAAGACACTTTGCAGGGTTTGTTTACCAAGATGAGAACGATAGAAATTCGCCGAATCCAACCAGTTGTTTTGGCTTTTTTCCCATTTTTGCAGACGTAAATTGACTAAACGGGTCACAATTTGTTGAATGAGATCTTGTTTGTAGCCAATGGCCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATACCATT > 1/575501‑575991 | cTCGTCGGCGGTAAATCCATGTTGTTTAATTTCGGCGATAAAAGCAAAAAGTGCGGTGATATTTTTTAAATAATTGGTATCGATTAATTGCAAGGAAAAGACACTTTGCAGGGTTTGTTTACCAAGATGAGAACGATAGAAATTCGCCGAATCCAACCAGTTGTTTTGGCTTTTTTCCCATTTTTGCAGACGTAAATTGACTAAACGGGTCACAATTTGTTGAATGAGATCTTGTTTGTAGCCAATGACCg < 1:576008/251‑1 (MQ=255) 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aTCTTGTTTGTAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATc < 1:21490/249‑1 (MQ=255) cTTGTTTGTAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAgttg < 1:33895/181‑1 (MQ=255) tgtttgtAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTa > 1:507002/1‑175 (MQ=255) gtttgtAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTtgtg > 1:266086/1‑153 (MQ=255) tgtAGCCAATGCCCGTTTCTTTTTTTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCGGGGATATTGGTGCCTTTTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATAc < 1:869256/251‑1 (MQ=255) tgtAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATAc < 1:207456/251‑1 (MQ=255) tAGCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATAcc < 1:562032/250‑1 (MQ=255) gCCAATGACCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATACCAtt > 1:535395/1‑251 (MQ=255) | CTCGTCGGCGGTAAATCCATGTTGTTTAATTTCGGCGATAAAAGCAAAAAGTGCGGTGATATTTTTTAAATAATTGGTATCGATTAATTGCAAGGAAAAGACACTTTGCAGGGTTTGTTTACCAAGATGAGAACGATAGAAATTCGCCGAATCCAACCAGTTGTTTTGGCTTTTTTCCCATTTTTGCAGACGTAAATTGACTAAACGGGTCACAATTTGTTGAATGAGATCTTGTTTGTAGCCAATGGCCGTTTCTTTTTGTTTATCTTCTTCAAAAAAGCTCAACTCCAGTGCCGGGATATTGGTGCCTTGTTCGGCAATACTTGCTACCCGCCAATGATGAATCAGCGGAATGCTAAAATCAATTTTATCTAACGGGCGTTGTGTGCGAGAACTCGGTTTATCTAGTTGTTGTGATATTAACTGTGCAATTTTGTGCGCATCGATATCACCGACGACAATAAGGGACATATTATCCGGTCTATACCATT > 1/575501‑575991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |