| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 541,059 | A→G | intergenic (‑92/‑22) | unknown ← / → unknown | Lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase (EC 2.3.1.241)/D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose 1‑phosphate adenylyltransferase (EC 2.7.7.70) / D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose‑7‑phosphate kinase (EC 2.7.1.167) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 541,059 | 0 | A | G | 100.0% | 155.7 / NA | 57 | intergenic (‑92/‑22) | unknown/unknown | Lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase (EC 2.3.1.241)/D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose 1‑phosphate adenylyltransferase (EC 2.7.7.70) / D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose‑7‑phosphate kinase (EC 2.7.1.167) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (31/26); total (31/26) | |||||||||||
CAAATAACCAACCTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTATTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGCGATGTGATGTTGGATCGCTATTGGTTCGGTGCAACCAACCGTATTTCACCGGAAGCACCGGTGCCGGTGGTGCGTGTTCAGCAAAATGAGGAGCGTGCAGGCGGTGCGGCAAACGTGGCAATGAACATCGCTTCGTTAAATGTGCCGGTGCAATTGCTGGGCTTAAC > 1/540817‑541298 | cAAATAACCAACCTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCtatat > 1:188003/1‑251 (MQ=255)cAAATAACCAACCTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCtatat < 1:269788/251‑1 (MQ=255) aaccaaccTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAagag < 1:68467/251‑1 (MQ=255) aaccaaccTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAagag < 1:555682/251‑1 (MQ=255) accTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAagag > 1:667334/1‑246 (MQ=255) accTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAAt > 1:280141/1‑251 (MQ=255) accTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAAt > 1:711661/1‑251 (MQ=255) 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cAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGtt > 1:270484/1‑251 (MQ=255) gTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGtttt > 1:478904/1‑251 (MQ=255) aCGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGc < 1:6108/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccccAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGCGATGTGATGTTGGATCGCTATTGGTTc < 1:278685/250‑1 (MQ=255) ccAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGCGATGTGATGTTGGATCGCTATTGGTTCGGt > 1:156336/1‑251 (MQ=255) aaTGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTGTTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGCGATGTGATGTTGGATCGCTATTGATTCGGTGc < 1:455556/251‑1 (MQ=255) 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CAAATAACCAACCTAATCCGTGTCCGATTTTGCATAAAATAGGATAAGGAAGCAGTAATATCAGACGGAAAATGCCGAGTGCAAGCCAAAAGCCCCAATGTTTGGGATGGAGAAATTCAGTTTTAAAAGTCGGAAGAACGGATTTTGCCATAAAGGAATTACAGGATTATTTCAATTGGTTTAGTTTAGCGGAATTTTTAGGAAATAGCATTTCCCCTGTGGTAGTATTAGCGAAATTTTTTATTCTATATAAGAGAAAATCAAATGGCTCAATATTCTGCACAATTTAATCATGCAAAAGTTTTGGTATTAGGCGATGTGATGTTGGATCGCTATTGGTTCGGTGCAACCAACCGTATTTCACCGGAAGCACCGGTGCCGGTGGTGCGTGTTCAGCAAAATGAGGAGCGTGCAGGCGGTGCGGCAAACGTGGCAATGAACATCGCTTCGTTAAATGTGCCGGTGCAATTGCTGGGCTTAAC > 1/540817‑541298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |