| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 508,961 | T→C | R320R (CGT→CGC) | unknown → | Undecaprenyl‑phosphate galactosephosphotransferase (EC 2.7.8.6) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 508,961 | 0 | T | C | 98.5% | 180.2 / ‑5.0 | 67 | R320R (CGT→CGC) | unknown | Undecaprenyl‑phosphate galactosephosphotransferase (EC 2.7.8.6) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (30/36); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AAGGCATCCCACTTTATGGGGCGGAAATTTCGCATTTCTTTAGCTCTGAAACCATTGTGCTGCGGATCCCCAATAAGCTCGCTAAGCGCTCAACCCGTTTGATGAAACGTACTTTTGATATTGTGGTTTCCAGCCTATTGTTGATTCTGCTTGCCCCGCTTTTCTTGGTGCTATTTTTGATGATTCGTAAAGATGGTGGAAAAGCAGTGTATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGTAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTGGCCCTCGCCCTGTAACGAGGCAAG > 1/508723‑509208 | aaGGCATCCCACTTTATGGGGCGGAAATTTCGCATTTCTTTAGCTCTGAAACCATTGTGCTGCGGATCCCCAATAAGCTCGCTAAGCGCTCAACCCGTTTGATGAAACGTACTTTTGATATTGTGGTTTCCAGCCTATTGTTGATTCTGCTTGCCCCGCTTTTCTTGGTGCTATTTTTGATGATTCGTAAAGATGGTGGAAAAGCAGTGTATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCaaa < 1:94789/251‑1 (MQ=255) 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1:548825/251‑1 (MQ=255) gtgtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGaa < 1:705007/227‑1 (MQ=255) gtgtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATg > 1:240782/1‑246 (MQ=255) gtgtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGc > 1:306811/1‑249 (MQ=255) gtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAag > 1:709410/1‑137 (MQ=255) gtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAAt > 1:736686/1‑165 (MQ=255) gtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAAt < 1:204732/165‑1 (MQ=255) gtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGaa < 1:246380/225‑1 (MQ=255) gtATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCttg > 1:397348/1‑251 (MQ=255) gCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAAt > 1:721783/1‑149 (MQ=255) gCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTgg > 1:159312/1‑250 (MQ=255) tCGTGTCGGGCGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTGGCCCTCGcc < 1:498880/251‑1 (MQ=255) cGAAATCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTGGCCCTCGCCCTGTAACGa < 1:404444/250‑1 (MQ=255) aTCGCAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGAT‑GTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTTGCCCTCGCCCTGGAACGAGGccag > 1:117865/1‑248 (MQ=255) | AAGGCATCCCACTTTATGGGGCGGAAATTTCGCATTTCTTTAGCTCTGAAACCATTGTGCTGCGGATCCCCAATAAGCTCGCTAAGCGCTCAACCCGTTTGATGAAACGTACTTTTGATATTGTGGTTTCCAGCCTATTGTTGATTCTGCTTGCCCCGCTTTTCTTGGTGCTATTTTTGATGATTCGTAAAGATGGTGGAAAAGCAGTGTATAGCCAAGTTCGTGTCGGGCGAAATCGTAAAGTCTTCAAATGCTATAAACTCCGTACGATGGTGGTTAATTCTCAACAAGTGCTGCGTGAATTATTGGCGAAAGATGAGGAAGCCCGCGAGCAGTGGAATAAAGAGTTTAAACTCAAGAATGACCCTAGAATCACGCCAATCGGCAAAATTTTGCGTAAAACCAGCCTTGATGAGCTGCCGCAGTTATGGAACGTCTTTAAAGGTGAAATGAGCCTTGTTGGCCCTCGCCCTGTAACGAGGCAAG > 1/508723‑509208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |