| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 497,158 | T→C | V162A (GTT→GCT) | unknown → | Glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase (EC 2.7.7.24) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 497,158 | 0 | T | C | 100.0% | 135.0 / NA | 48 | V162A (GTT→GCT) | unknown | Glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase (EC 2.7.7.24) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (21/27); total (21/27) | |||||||||||
ACCTAGCCCGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGTTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGCCTACACGAAGCGGCATCTTTCGTTCGCACTGTTG > 1/496913‑497394 | aCCTAGCCCGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCaa > 1:514586/1‑250 (MQ=255)aCCTAGCCCGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCaa > 1:337286/1‑250 (MQ=255) aGCCCGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTaa > 1:572573/1‑251 (MQ=255) ccGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAAta < 1:305665/251‑2 (MQ=255) 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aaCATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTgcgcg < 1:840647/251‑1 (MQ=255) aCCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACAtt > 1:408124/1‑251 (MQ=255) aaTGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTatat < 1:701520/169‑1 (MQ=255) cTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAAc > 1:861035/1‑134 (MQ=255) cTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGt < 1:278791/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGa > 1:294077/1‑251 (MQ=255) aCCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAg < 1:361585/242‑1 (MQ=255) tACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTaaa < 1:131351/251‑1 (MQ=255) tACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCCGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTaaa < 1:33883/251‑1 (MQ=255) cGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATcac > 1:846178/1‑210 (MQ=255) gTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGc > 1:532802/1‑121 (MQ=255) gTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTgcg < 1:250790/188‑1 (MQ=255) cAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCaa > 1:888367/1‑251 (MQ=255) gtgtTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTaaatg < 1:866560/211‑1 (MQ=255) gtgtTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTa > 1:177567/1‑249 (MQ=255) 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1:510179/209‑1 (MQ=255) aaaaGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGtt > 1:266049/1‑215 (MQ=255) gggCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGaca > 1:558658/1‑250 (MQ=255) ttCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAAc < 1:317698/251‑1 (MQ=255) gtgtGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCa > 1:95915/1‑250 (MQ=255) aCGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGCCTACACGaa < 1:659485/251‑1 (MQ=255) tCTATTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGCCTACACGAAGGGGCATCTTTCGTTCGCAc < 1:489656/251‑1 (MQ=255) aTTGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTatat > 1:763511/1‑54 (MQ=255) tGAAGAAAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGCCTACACGAAGGGGCATCTTTCGTTCGCACTGTTg < 1:636731/251‑1 (MQ=255) gaagaaAAACCTGCTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGcc < 1:721614/217‑1 (MQ=255) | ACCTAGCCCGGATGGCTTAGCACAAGCATTTCTCATTGGGGAAGGGTTTATCAATGGCGATAGCTGTTGTTTAGTATTAGGAGATAACATTTTCTATGGTCAGAATTTTACCCAAATGTTGCAGCAAGCTGTTGCTCGACCTTACGGTGCAACAGTGTTTGGATATTTAGTAAAAGATCCTGGGCGTTTCGGTGTGGTGGAATTTGACGAAAATTTCAAAGCTGTTTCTATTGAAGAAAAACCTGTTCAACCTAAATCTAACTATGCTGTAACAGGTTTATATTTCTACGATAATCGTGTGGTCGATTTCGCGAAACAGGTGAAACCATCTGCGCGCGGTGAGCTTGAAATCACCACATTAAATGAAATGTATCTAAAAGATGGTTCATTAAATGTGCAATTACTCGGTCGTGGTTTTGCGTGGTTAGACACAGGAACGCACGAAAGCCTACACGAAGCGGCATCTTTCGTTCGCACTGTTG > 1/496913‑497394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |