Predicted mutation
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RA	1	481,808	A→G	A9A (GCA→GCG)	unknown →	Low‑affinity gluconate/H+ symporter GntU

Read alignment evidence...
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*	1	481,808	0	A	G	100.0%	52.5 / NA	21	A9A (GCA→GCG)	unknown	Low‑affinity gluconate/H+ symporter GntU
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (15/6);  total (15/6)

TTGCTGAATATGTCGCATAAATATAATTTTTTGTGATTGTGATCACATTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCAGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCAAAAGTGCTTGCGGATACGTTGATTAATAAA  >  1/481658‑482054                                                                                                                                                       |                                                                                                                                                                                                                                                       ttGCTGAATATGTCGCATAAATATAATTTTTTGTGATTGTGATCACATTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCg                                                                                                                                                    >  1:750850/1‑251 (MQ=255)      gAATATGTCGCATAAATATAATTCTTTGTGATTGTGATCACATTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACt                                                                                                                                                                                                                                             >  1:425114/1‑157 (MQ=255)                   aaaTATAATTTTTTGTGATTGTGATCACATTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGa                                                                                                                                  >  1:784637/1‑251 (MQ=255)                                              caTTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAacac                                                                                                         >  1:409055/1‑249 (MQ=255)                                                  tttAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTgg                                                                                                    >  1:142346/1‑250 (MQ=255)                                                             tttatttaCCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCg                                                                                         <  1:820319/250‑1 (MQ=255)                                                                   taCCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAg                                                                                  >  1:834837/1‑251 (MQ=255)                                                                   taCCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAg                                                                                  >  1:733300/1‑251 (MQ=255)                                                                                   aaaGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAAt                                                                                                                                          >  1:302928/1‑179 (MQ=255)                                                                                   aaaGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAacac                                                                                                         >  1:98230/1‑212 (MQ=255)                                                                                      ggTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGt                                                                       <  1:405260/243‑1 (MQ=255)                                                                                               ccGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCg                                                                                                  <  1:774110/207‑1 (MQ=255)                                                                                                     aCATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGa                                                >  1:86631/1‑251 (MQ=255)                                                                                                              aCATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTgg                                                                                                    <  1:145807/190‑1 (MQ=255)                                                                                                               cATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTgg                                                 >  1:596139/1‑240 (MQ=255)                                                                                                                     gAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACcggc                                      <  1:439170/245‑1 (MQ=255)                                                                                                                     gAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCa                                >  1:58148/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                               gTTAATTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCAAAAGTGCTTg                      >  1:559840/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                                  aaTTTTTATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCAAAAGTGCTTGCgg                   >  1:811343/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                                    tttttATTATGATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAg                                              >  1:399086/1‑222 (MQ=255)                                                                                                                                              gATCGCAGCGGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCAcc                                         <  1:629518/217‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                   cagcggTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCAAAAGTGCTTGCGGATACGTTGATTAATaaa  >  1:655516/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                                                       |                                                                                                                                                                                                                                                       TTGCTGAATATGTCGCATAAATATAATTTTTTGTGATTGTGATCACATTTTTAAATGCTGTTTATTTACCAAAAGTCGGCAAAAAGGTATGTTACCGATAACATTATCAACATAAGGAATTATTATGTTAATTTTTATTATGATCGCAGCAGTGCTTTTACTTCTGCTATTAATTATCAAATTTAAAATGCATGCCTTTGTGGCGTTAATTTTAGTCAGTTTATTGACCGCACTTGCCGCAGGAATTGCCGTGGATAAAATCCTGCCGACCATGTTAACCGGCTTCGGTAACACCTTGGCGTCCGTGGCGTTATTAGTCGGTTTGGGTACCATGATCGGGCGTTTATTGGAAGTCACCGGCGGGGCAAAAGTGCTTGCGGATACGTTGATTAATAAA  >  1/481658‑482054

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑