| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 461,762 | G→A | G64G (GGC→GGT) | unknown ← | Hydrogenase‑4 component H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 461,762 | 0 | G | A | 99.1% | 316.5 / NA | 112 | G64G (GGC→GGT) | unknown | Hydrogenase‑4 component H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (55/56); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGTTTGAATAAATCAATGGTGTAATTCAGCTCTTTATAGGAAATGAATGGTTGACCGCATTCCTGACAGGCAACGGTCGCAAAGGTGGTTTCCTGATAAAGATCCTGTTTGTTGGTTACCGATAATTCAAAATCCTGCGTTAAGCGAATGGCTTTGGTCGGGCACACTTCTTCACAACGACCGCAGAAAATACAGCGCCCCAGGAATAAAGACCAAGTGCGGTCGCCGGTCACCGGGTCGGTGCGCATGGTTAAAGCGTTCGCCGGGCAAGCCATTGTGCAGGCGGCGCATACGATACATTGATCGGAATTAAGTTCCGGTTTACCTCTGAAATCATCATCCACTTCATAAGGTTGGAACGGGTATTTGGTGGTAACGTCGCCGGCTTTAAATACGGTTTTAAGTAACTTAAACATGCTTCCGCCTCCCTTATTTCAATGGTGAGTTTTTACGTTCGATGCCGTAGCG > 1/461538‑462005 | gAATAAATAAATGGTGTAATTCAGCTCTTTATAGGAAATGAATGGTTGACCGCATTCCTGACAGGCAACGGTCGCAAAGGTGGTTTCCTGATAAAGATCCTGTTTGTTGGTTACCGATAATTCAAAATCCTGCGTTAAGCGAATGGCTTTGGTCGGGCACACTTCTTCACAACGACCGCAGAAAATACAGCGCCCCAGGAATAAAGACCAAGTGCGGTCACCGGTCACCGGGTCGGTGCGCATGGTTAAAg > 1:582054/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |