| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 5 | 7,889 | T→G | E150A (GAA→GCA) | unknown ← | 3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase, FabZ form (EC 4.2.1.59) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 5 | 7,889 | 0 | T | G | 97.9% | 253.5 / ‑5.4 | 93 | E150A (GAA→GCA) | unknown | 3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase, FabZ form (EC 4.2.1.59) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (46/45); minor base A (2/0); total (48/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GTCCTGGTTCACTTCACCGATACTGGCGAACTGATAAATTTCATTATCTTCGCCGATTTTAGTGTTGCCGTTAATCACAACATGGGAATGAATAACGGTACCTTTACCGATTTTTGCATCTTTACCGATAATGGTAAAAGGACCGATGACCACGTTCTCGCCGATTTTAGCGCCTTCTTCAACGATCGCCTGAGGATGAATTTTTGCAGTTGGGTGAATCATGTTTATCCTCTTATATTGATTTATTCTACACGGCGGGCACACATTAACTTCGCTTCGCAAGCCACTTCACCATCGACGGTTGCGGTTGCCGTGAACGCGGTAATACCGCGACGTTCTTTAATGACTTCAACGTGTAATACCATTTGATCGCCCGGAATAATCGGACGTTTAAAGCGGGCTTCATCTACACCGGCGAAATAGAAAATTTCGCCACCTACCAATTCATGGGTTTTAAATGCCAAAATGCCCATAGCTTGTGCCAAGGCTT > 5/7643‑8132 | gTCCTGGTTCACTTCACCGATACTGGCGAACTGATAAATTTCATTATCTTCGCCGATTTTAGTGTTGCCGTTAATCACAACATGGGAATGAATAACGGTACCTTTACCGATTTTTGCATCTTTACCGATAATGGTAAAAGGACCGATGACCACGTTCTCGCCGATTTTAGCGCCTTCTTCAACGATCGCCTGAGGATGAATTTTTGCAGTTGGGTGAATCATGTTTATCCTCTTATATTGATTTATGCTa > 1:497911/1‑250 (MQ=255) tCCTGGTTCACTTCACCGATACTGGCGAACTGATAAATTTCATTATCTTCGCCGATTTTAGTGTTGCCGTTAATCACAACATGGGAATGAATAACGGTACCTTTACCGATTTTTGCATCTTTACCGATAATGGTAAAAGGACCGATGACCACGTTCTCGCCGATTTTAGCGCCTTCTTCAACGATCGCCTGAGGATGAATTTTTGCAGTTGGGTGAATCATGTTTATCCTCTTATATTGATTTATGCTaca > 1:739600/1‑251 (MQ=255) ccTGGTTCACTTCACCGATACTGGCGAACTGATAAATTTCATTATCTTCGCCGATTTTAGTGTTGCCGTTAATCACAACATGGGAATGAATAACGGTACCTTTACCGATTTTTGCATCTTTACCGATAATGGTAAAAGGACCGATGACCACGTTCTCGCCGATTTTAGCGCCTTCTTCAACGATCGCCTGAGGATGAATTTTTGCAGTTGGGTGAATCATGTTTATCCTCTTATATTGATTTATGCTacac < 1:55003/251‑1 (MQ=255) cTGGTTCACTTCACCGATACTGGCGAACTGATAAATTTCATTATCTTCGCCGATTTTAGTGTTGCCGTTAATCACAACATGGGAATGAATAACGGTACCTTTACCGATTTTTGCATCTTTACCGATAATGGTAAAAGGACCGATGACCACGTTCTCGCCGATTTTAGCGCCTTCTTCAACGATCGCCTGAGGATGAATTTTTGCAGTTGGGTGAATCATGTTTATCCTCTTATATTGATTTATGCTACAcg > 1:485450/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |