| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 4 | 13,057 | C→T | E146K (GAG→AAG) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 4 | 13,057 | 0 | C | T | 100.0% | 121.5 / NA | 46 | E146K (GAG→AAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (21/25); total (21/25) | |||||||||||
CTCTTTAAGCAACATTTTTCCTAAATGAGTTATATATCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTCATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTATATATTTAGATAATTTTTCAGCTTCTGAAC > 4/12812‑13296 | ctctTTAAGCAACATTTTTCCTAAATGAGTTATATATCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAGATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATcac < 1:160719/251‑1 (MQ=255) tAAGCAACATTTTTCCTAAATGAGTTATATATCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCAccc < 1:150866/251‑1 (MQ=255) gTTATATATCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAAt > 1:184891/1‑249 (MQ=255) atCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg > 1:576795/1‑232 (MQ=255) atCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCaa > 1:650816/1‑251 (MQ=255) tAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCAccc > 1:598373/1‑186 (MQ=255) tCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCttatc > 1:628420/1‑166 (MQ=255) aTTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg < 1:582497/180‑1 (MQ=255) atatTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTg > 1:781147/1‑166 (MQ=255) atatTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAAtct < 1:879332/196‑1 (MQ=255) aaaCCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATcc < 1:256094/251‑1 (MQ=255) aaCCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAgtg < 1:111409/141‑1 (MQ=255) aaCCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATc < 1:444975/159‑1 (MQ=255) aCCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCAccc < 1:339072/136‑1 (MQ=255) aCCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg < 1:71797/147‑1 (MQ=255) ttCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAgtgt < 1:155748/132‑1 (MQ=255) tCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg > 1:52715/1‑137 (MQ=255) ctTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGtt > 1:428823/1‑122 (MQ=255) ctTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg > 1:378025/1‑127 (MQ=255) ctTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGata < 1:64594/204‑1 (MQ=255) ctTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAata > 1:274937/1‑251 (MQ=255) ttATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATcac > 1:718215/1‑109 (MQ=255) gCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGat < 1:60108/196‑1 (MQ=255) ctctTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCGATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATg < 1:56825/180‑1 (MQ=255) ctctTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAgtgt > 1:590831/1‑111 (MQ=255) ctTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGgtg > 1:170502/1‑115 (MQ=255) ttattaGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGtaaata > 1:284835/1‑107 (MQ=255) ttattaGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAAt < 1:17595/154‑1 (MQ=255) ttattaGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTagcag > 1:847768/1‑250 (MQ=255) gCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAgg < 1:6535/214‑1 (MQ=255) ctctTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTa > 1:502776/1‑131 (MQ=255) cttctGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAgg < 1:25261/207‑1 (MQ=255) cTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCGGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAAcc < 1:389556/250‑1 (MQ=255) ccAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGat < 1:11779/153‑1 (MQ=255) atatAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAAt > 1:741767/1‑127 (MQ=255) ctagAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCtat < 1:432802/250‑1 (MQ=255) gagTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATag > 1:435980/1‑174 (MQ=255) gagTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGc < 1:796396/185‑1 (MQ=255) agTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTatatat < 1:48544/250‑1 (MQ=255) gTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGc < 1:361259/242‑1 (MQ=255) ggTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGata > 1:483822/1‑128 (MQ=255) ggTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTg < 1:737926/138‑1 (MQ=255) gTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTag > 1:695655/1‑196 (MQ=255) gTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTatatat > 1:268142/1‑243 (MQ=255) aCTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCtat < 1:115358/237‑1 (MQ=255) tctAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTATATATTTAGATAATTTTTCAGCTTCTGAAc < 1:485092/251‑1 (MQ=255) ctAAATTCCTTATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTATATATTTAGATAATTTTTCAGCTTCTGAAc > 1:717986/1‑250 (MQ=255) | CTCTTTAAGCAACATTTTTCCTAAATGAGTTATATATCTAGAACCTTTAGGTTTTCCTGATGATTTATCATAAATAGGCATATTCGTATTTCTATCTATATTAAATTTAGTTTTTATTAAACCTAATCTTTCTAAATGCTCTTTATAGCTCTCTTGAATAGCAGATTTATTAGCCTCTTCTTCTGAAGCTCCAATATAATTTCTAGCTAGAGTTAAGGTACTCTTATGTTTATCTCTAAATTCCTCATCACCACCCAGTGTTGGGTGTAAATAAAATCTTAACCAAATAATCTCTTCATCATTTAAGTCTGATAGTAAATTGAGTAAATGGATAGATTGAGATATTTGTACTTGTTCTTTATTTAATCCATTCGCCACTATAGAGGCAATATGCTCAAGACGCTTTTCACTAGCAGCTCGAAAAGCGTAGAATAAACCATCTTCAAACAATGCTATATATTTAGATAATTTTTCAGCTTCTGAAC > 4/12812‑13296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |