| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 4 | 3,469 | C→T | T144T (ACC→ACT) | unknown → | Inner membrane protein RclC associated with response to reactive chlorine species |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 4 | 3,469 | 0 | C | T | 99.0% | 259.9 / NA | 98 | T144T (ACC→ACT) | unknown | Inner membrane protein RclC associated with response to reactive chlorine species |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (50/47); total (50/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGGATCGAATTTAGTACAAAATGACAAAGGCGAGCTGGTGAAAGAATATACCCTTTATAAAAATCCGGAGGGTAAAATGGTGGTGAAAAATATTGAATGGCATAAAGCGAACGGCACTTACACCGCCTCTTATATTATCGGTGCAATGATTGTAACCATTGGTTTATTAACCTTAGCCGGTATCTGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGGATGTCCATCGTTACCTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAAACCTGGGTGCCTAATTTGGGTGGTGATTTACCAACGCCGAATTATGGTTTCCCTTATTTATCTGCGGCAGGGCGGCTGGTTATTAAAGATATTATCATGATGGCAGGAGGATTGGTTGCTGCCGCCGAATGCGCTAATCGATGGCTAAAGGCGAAACAATCCGTCTAATTGT‑AAATCTGGCTGAAGCTTATCACCTTGTGATAGGCTT > 4/3224‑3704 | aaCGGATCGAATTTAGTACAAAATGACAAAGGCGAGCTGGTGAAAGAATATACCCTTTATAAAAATCCGGAGGGTAAAATGGTGGTGAAAAATATTGAATGGCATAAAGCGAACGGCACTTACACCGCCTCTTATATTATCGGTGCAATGATTGTAACCATTGGTTTATTAACCTTAGCCGGCATCCGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGAATGTCCATCGTCACTTTGt > 1:220387/1‑250 (MQ=255) 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1:65531/1‑202 (MQ=255) ccATTGGTTTATTAACCTTAGCCGGCATCCGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGAATGACCATCGTCACTTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAGACCTGGGTGCCTAATTTGGGCGGTGATTTACCAACGCCGAATTATGGTTTCCCTTATTTATCTGCGGCAGGGCGGCTGGTTATTAAAGATATCATCATGATGGCAGGAGGATTGGTTGCCGCCGCCGAATgtgca > 1:424952/1‑247 (MQ=255) tttATTAACCTTAGCCGGCATCCGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGAATGTCCATCGTCACTTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAGACCTGGGTGCCTAATTTGGGCGGTGATTTACCAACGCCGAATTATGGTTTCCCTTATTTATCTGCGGCAGGGCGGCTGGTTATTAAAGATATCATCATGATGGCAGGAGGATTGGTTGCCGCCGCCGAATGTGCAAATCggt > 1:496076/1‑249 (MQ=255) ttattaACCTTAGCCGGCATCCGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGAATGTCCATCGTCACTTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAGACCTGGGTGCCTAATTTGGGCGGTGATTTACCAACGCCGAATTATgg < 1:406823/155‑1 (MQ=255) ttattaACCTTAGCCGGCATCCGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGAATGTCCATCGTCACTTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAGACCTGGGTGCCTAATTTGGGCGGTGATTTACCAACGCCGAATTATGGTTTCCCttattt > 1:310264/1‑167 (MQ=255) 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AACGGATCGAATTTAGTACAAAATGACAAAGGCGAGCTGGTGAAAGAATATACCCTTTATAAAAATCCGGAGGGTAAAATGGTGGTGAAAAATATTGAATGGCATAAAGCGAACGGCACTTACACCGCCTCTTATATTATCGGTGCAATGATTGTAACCATTGGTTTATTAACCTTAGCCGGTATCTGGTCGCCGACATTGGGCTTATTTGGCGGGTTGCTCACGTTCGGGATGTCCATCGTTACCTTGTCGTTCCTTATTTTCACACCGGAAACCTGGGTGCCTAATTTGGGTGGTGATTTACCAACGCCGAATTATGGTTTCCCTTATTTATCTGCGGCAGGGCGGCTGGTTATTAAAGATATTATCATGATGGCAGGAGGATTGGTTGCTGCCGCCGAATGCGCTAATCGATGGCTAAAGGCGAAACAATCCGTCTAATTGT‑AAATCTGGCTGAAGCTTATCACCTTGTGATAGGCTT > 4/3224‑3704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |