| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 3 | 58,525 | G→T | intergenic (‑318/+362) | unknown ← / ← unknown | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone 4‑phosphate synthase (EC 4.1.99.12)/Zn‑dependent protease with chaperone function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 3 | 58,525 | 0 | G | T | 99.1% | 288.5 / ‑3.6 | 106 | intergenic (‑318/+362) | unknown/unknown | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone 4‑phosphate synthase (EC 4.1.99.12)/Zn‑dependent protease with chaperone function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (43/62); minor base . (0/1); total (43/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GAACAAACCTGTGCTGCTTTTTTATTCTCTTTCATCCAGACTGTCACTGTCGGCTTTGGATTCGCACCAAATCTGCTGACTTTATCGAAAAAACGCCGTCAAAAACGACCGCACTTTTGTCGATAAACGCTCGTGGGCTTGCATTGAAACATTCCTTCATGCTTACCACCGGTAGGGACTTTCACCCTGCCCTGAGAATGCGCGCCTAGTATAGCGCAAAGGGACTGGTGTTAAAATCGGTTTTGGGCACACAAGGACAATTTAACGCGTCTAATACGAGTTAATCGGCATAACTCTACTCAGCCCTAAAAAAATTTCCAAAAGCTATTTCAAATAGCCCAATGAGAGAATGAAGTACGAACAAGAGTTGTTGGTAGCCTAACGTTAATTCGCAAAAGTTAATTCAAATTTTCAATCATGGAAAATTTTAGGGAAAATCCACCAAAATGAACCAAAAGAAATACCTTTAACCCTATATTACCAGGCT > 3/58281‑58767 | ccTGTGCTGCTTTTTTATTCTCTTTCATCCAGACTGTCACTGTCGGCTTTGGATTCGCACCAAATCTGCTGACTTTATCGAAAAAACGCCGTCAAAAACGACCGCACTTTTGTCGATAAACGCTCGTGGGCTTGCATTGAAACATTCCTTCATGCTTACCACCGGTAGGGACTTTCACCCTGCCCTGAGAATGCGCGCCTAGTATAGCGCAAAGGGACTGGTGTTAAAATCGGTTTTTGGCACACAAGGa > 1:242548/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |