| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 140,469 | T→G | F103V (TTT→GTT) | unknown → | tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine synthase subunit TusD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 140,469 | 0 | T | G | 99.2% | 327.4 / NA | 119 | F103V (TTT→GTT) | unknown | tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine synthase subunit TusD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (59/59); minor base A (0/1); total (59/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AACTGGCACAAGTACTGGTGCAAAAGCATCATATCAGCCAAATCTTTTTTTATCAGGATGGCGTAACCAACGGCAACGCCTTGGTTTATCCCGCTAATGACGAATTTAATTTGGTCCAAGCCTGGCAGGCATTTTCCCGTCAATTTAACGTGCCGCTGCATTTGTGCGTTGCCGCCGCTCAACGGCGTGGCGTGGTGGATAGCTATTCTGCCGCCGATAAAAGTGCGGTTAACCTGGCGGACTTTTTTCAACTTGCCGGCTTGGGTG‑AATTCAGCCAAGCCTTATTACAAGCCGATCGGGTGATAACCCTATGAGTAAACTTGCCTTTATTTTCCGTCACGCGCCTTATGGTTCGGCAAATACACGCGAAGGATTAGACGCGCTGCTTGCCGCCACGGCATTTTGCGCCGAAGAGGACATTGCGGTGTTTTTCTTGGATGACGGCGTGTTGAATTTGCAAAAAAATCAACAGGCGG > 2/140227‑140702 | aaCTGGCACAAGTACTGGTGCAAAAGCATCATATCAGCCAAATCTTTTTTTATCAGGATGGCGTAACCAACGGCAACGCCTTGGTTTATCCCGCTAATGACGAATTTAATTTGGTCCAAGCCTGGCAGGCATTTTCCCGTCAATTTAACGTGCCGCTGCACTTGTGCGTTGCCGCCGCTCAACGGCGTGGCGTGGTGGATAGCTATTCTGCCGCCGATAAAAGTGCGGTTAACCTGGCGGACGTTTTTCaa > 1:726649/1‑251 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AACTGGCACAAGTACTGGTGCAAAAGCATCATATCAGCCAAATCTTTTTTTATCAGGATGGCGTAACCAACGGCAACGCCTTGGTTTATCCCGCTAATGACGAATTTAATTTGGTCCAAGCCTGGCAGGCATTTTCCCGTCAATTTAACGTGCCGCTGCATTTGTGCGTTGCCGCCGCTCAACGGCGTGGCGTGGTGGATAGCTATTCTGCCGCCGATAAAAGTGCGGTTAACCTGGCGGACTTTTTTCAACTTGCCGGCTTGGGTG‑AATTCAGCCAAGCCTTATTACAAGCCGATCGGGTGATAACCCTATGAGTAAACTTGCCTTTATTTTCCGTCACGCGCCTTATGGTTCGGCAAATACACGCGAAGGATTAGACGCGCTGCTTGCCGCCACGGCATTTTGCGCCGAAGAGGACATTGCGGTGTTTTTCTTGGATGACGGCGTGTTGAATTTGCAAAAAAATCAACAGGCGG > 2/140227‑140702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |