| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 365,918 | T→C | intergenic (+198/‑212) | unknown → / → unknown | RTX toxin transporter, determinant D/PTS system, mannitol‑specific IIC component / PTS system, mannitol‑specific IIB component (EC 2.7.1.197) / PTS system, mannitol‑specific IIA component (EC 2.7.1.197) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 365,918 | 0 | T | C | 100.0% | 114.6 / NA | 42 | intergenic (+198/‑212) | unknown/unknown | RTX toxin transporter, determinant D/PTS system, mannitol‑specific IIC component / PTS system, mannitol‑specific IIB component (EC 2.7.1.197) / PTS system, mannitol‑specific IIA component (EC 2.7.1.197) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/16); total (26/16) | |||||||||||
ACTCAGCCCATTAGAAGAATCTATTGATAAAAGTTTAAGAGAACGTTAATTATAAAAGATAGAATATAACATTCTGATTTTCCGCAATGTATCAAAAGTCTAAATTGAAAATGGATTTGGTTAGACAGTATAAAACGGTAACTTGATGATGGATTTATAATTGAAATCGTATTACCTGCATTTGCGAATACCAGCAAGCCGAAAGCCCGTTGTAGTTTTCTGGTGCAAAAGTGCGGTGGATTTCCCTGGTGTTTTTTTATCCTACTTTATTGGGATTAAAATGTGATCTAAATCACATAATTGTCTCCTTGAATTAAAAACTGTGATCTGTATCACGTTTTAAAAATTTTTGGTTAAAAAATATTGTGATGTAGTTCACATTTTTTCCGAAAAAAGTTTTTGACAAAAATTTTCTTGTGCTATTTTGACCGCACTTTAAACCTGTGACGGAGACAATTATGTTATCAGCAAGTGCAAAAG > 1/365672‑366151 | aCTCAGCCCATTAGAAGAATCTATTGATAAAAGTTTAAGAGAACGTTAATTATAAAAGATAGAATATAACATTCTGATTTTCCGCAATGTATCAAAAGTCTAAATTGAAAATGGATTTGGTTAGACAGTATAAAACGGTAACTTGATGATGGATTTATAATTGAAATCGTATTACCTGCATTTGCGAATACCAGCAAGCCGAAAGCCCGTTGTAGTTTTCTGGTGCAAAAGTGCGGTGGATTTCCCCGgtg > 1:429082/1‑251 (MQ=255) 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ACTCAGCCCATTAGAAGAATCTATTGATAAAAGTTTAAGAGAACGTTAATTATAAAAGATAGAATATAACATTCTGATTTTCCGCAATGTATCAAAAGTCTAAATTGAAAATGGATTTGGTTAGACAGTATAAAACGGTAACTTGATGATGGATTTATAATTGAAATCGTATTACCTGCATTTGCGAATACCAGCAAGCCGAAAGCCCGTTGTAGTTTTCTGGTGCAAAAGTGCGGTGGATTTCCCTGGTGTTTTTTTATCCTACTTTATTGGGATTAAAATGTGATCTAAATCACATAATTGTCTCCTTGAATTAAAAACTGTGATCTGTATCACGTTTTAAAAATTTTTGGTTAAAAAATATTGTGATGTAGTTCACATTTTTTCCGAAAAAAGTTTTTGACAAAAATTTTCTTGTGCTATTTTGACCGCACTTTAAACCTGTGACGGAGACAATTATGTTATCAGCAAGTGCAAAAG > 1/365672‑366151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |