| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 131,666 | A→G | V257V (GTA→GTG) | unknown → | Anaerobic C4‑dicarboxylate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 131,666 | 0 | A | G | 98.9% | 255.9 / NA | 93 | V257V (GTA→GTG) | unknown | Anaerobic C4‑dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (48/44); total (48/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCTTCTACTATAATCGGTCTTTTCCTTGCTTGTATCTTTGTGAACAAAATGGGCAAAGAATTAAAAGATGATCCGGAATATCAACGTCGTTTAAACGATCCTAAATATGCGGAAGCTTTCAATTCAACCACTAGCAGTAAAGAACTTGAAATCAGCAAAACCGCAAAAATTTCCGTCTCACTATTCTTATTCGGTGCATTACTTGTGGTTTTAATGGGGGCAATGCCTTCATTACGTCCGGTATTCGACGGCAAACCGATGGGTATGGCACACACCATTGAAATTATTATGTTAACCATCGGTGCATTAATTATCTTAACCTGTAAACCGGACGGTACGGAAATTACCAAGGGTTCGGTATTTCATGCCGGTATACGTGCAGTTATCGCCATTTTCGGTATCGCATGGTTAGGTGATACGTTAATGCAGGCGCATCTTGAAGAAGTGAAAGGTATGGTGAGGGGTTTGGTAGAAAC > 2/131423‑131899 | tCCTTCTACTATAATCGGTCTTTTCCTTGCTTGTATCTTTGTGAACAAAATGGGCAAAGAATTAAAAGATGATCCGGAATATCAACGTCGTTTAAACGATCCTAAATATGCGGAAGCTTTCAATTCAACCACTAGCAGTAAAGAACTTGAAATCAGCAAAACCGCAAAAATTTCCGTCTCACTATTCTTATTCGGTGCATTACTTGTGGTTTTAATGGGGGCAATGCCTTCATTACGTCCGGTGTTCGACg > 1:210808/1‑251 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |