| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 122,767 | C→T | intergenic (+230/+42) | unknown → / ← unknown | NAD(P)H dehydrogenase (quinone) 2 (EC 1.6.5.2)/tRNA‑5‑carboxymethylaminomethyl‑2‑ thiouridine(34) synthesis protein MnmG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 122,767 | 0 | C | T | 98.9% | 262.7 / NA | 93 | intergenic (+230/+42) | unknown/unknown | NAD(P)H dehydrogenase (quinone) 2 (EC 1.6.5.2)/tRNA‑5‑carboxymethylaminomethyl‑2‑ thiouridine(34) synthesis protein MnmG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (50/42); minor base A (1/0); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCATAACAAGGTTTGATGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGACCGCACTTTTTTGTTTTTTAGCGAGAGGGAAAGATTACTAGATTACTCCCCACGCTTTAACATCCCTTGTTTTTTCAAGTTCACTAAAATGATGGAAATAGCTGCTGGCGTGATGCCGGAAATACGGCTTGCTTGCCCGATAGACACCGGACGATGTTGTTCTAACTTAGCACGTACTTCGTTTGATAAACCGGAGACTTTAGCATAATCAAACTGTGCAGGAATCGCTGTGTTTTCGTG > 2/122531‑123006 | aCCATAACAAGGTTTGATGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGtt > 1:804608/1‑251 (MQ=255) tAACAAGGTTTGATGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGt > 1:244934/1‑246 (MQ=255) aaCAAGGTTTGATGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGTTTTTTa > 1:410660/1‑251 (MQ=255) aaGGTTTGATGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGTTTTTTAGCg < 1:458489/251‑1 (MQ=255) aTGCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGTTTTTTAGCGAGAGGGaa > 1:313580/1‑251 (MQ=255) gCTTAACCGAGGATATTCGCTATCCTCGGTTTTTAACCTTAGGCTGG‑CAAAAATGCGTGATAGGCTTAGCCGATCTCACCTCATCGCCCCGCACATTTACTTCTTATAAGGCGAGA‑TAACCCGGAAATGTATAT‑GGTGCTTAATGTATTTAAAGACATGGATTTGAGGATTTATCAGGAATTATTGGGTTAGTGATAAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGTTTTTTAGCGAGAGGGAAag > 1:676301/1‑251 (MQ=255) gcttaccgaaggtattcggcaTCCTTGGGTTTTAAACCTAGGCCGGCCAAAAAGGCTTGTTAGCCTTGGCCGTTCTC‑CCTCATCGCCCCGCCCATTTTCTTTTTATTAAGCGAGATTACCCCGAAAATGT‑TATGGGTG‑TTAATTTTATTAAAGGCCAGGATTTGGGGATTTTACCGGGATTTTTGGGTTTGTGATTAAAAAGTGCGGTCAAAATCGATCGCACTTTTTTGTTTTTTAGCGAGAGGGaaa < 1:641495/229‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |