| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 2 | 102,735 | T→C | R292R (CGT→CGC) | unknown → | D‑xylose ABC transporter, permease protein XylH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 2 | 102,735 | 0 | T | C | 98.8% | 218.0 / NA | 82 | R292R (CGT→CGC) | unknown | D‑xylose ABC transporter, permease protein XylH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/60); total (21/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
TGGGTGCGATCTATCTCTTAAATGATTATCGGGGCATTCCGTTCCCGGTGTTGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACAAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGTTTAGGTGCCGGCGCGCCGTCCGCCGGTCAAAATGCCGAACTGGACGCCATCGCCGCCTGTGTTATCGGCGGTGCAAGCCTCGCCGGCGGTGTCGGTAGCGTTTACGGCGTGGTTATCGGTGCATTGATTATCGCCTTATTGGACAACGGTATGAGTATGTTAGACGTGCCGACCTTCTGGCAATACATTGTGAAAGGTACCATTTTATTACTCGCCGTATGGATGGATACGATG > 2/102491‑102969 | tGGGTGCGATCTATCTCTTAAATGATTATCGGGGCATTCCGTTCCCGGTGTTGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGt < 1:335830/251‑1 (MQ=255) 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atctatctCTTAAATGATTATCGGGGCATTCCGTTCCCGGTGTTGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGt < 1:336906/243‑1 (MQ=255) atctatctCTTAAATGATTATCGGGGCATTCCGTTCCCGGTGTTGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGGTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGTGCCGgcg > 1:440527/1‑250 (MQ=255) ctTAAATGATTATCGGGGCATTCCGTTCCCGGTGTTGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCCGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCCTTAACGGCTTTATGGTCGCCATCGCCGGGGTAATTTTCAGTGCCCCCTTAGGTGCCCGCGCGCCggcc > 1:870402/1‑247 (MQ=255) 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ttGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGTGCCGGCGCGCCGTCCGCCGGTCAAAATGCCGAACTGGACGCCATcgccg < 1:338488/250‑1 (MQ=255) ttGCTTCTGGCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGTGCCGGCGCGCCGTCCGCCGGTCAAAATGCCGAACTGGACGCCATcgccg < 1:162953/250‑1 (MQ=255) gCGATTTTAGCGGTTATCGGTATGTTCATTGCACGAAAAACCGCATTCGGACGACACATTTATGCCATTGGCGGTAATATTGAGGCTGCCAGATTATCAGGCATCAATGTTGAAAAAATCAAACTCATGATTTTCTCCATTAACGGCTTAATGGTCGCCATCGCCGGGTTAATTCTCAGTGCCCGCTTAGGTGCCGGCGCGCCGTCCGCCGGTCAAAATGCCGAACTGGACGCCATCGCCGCCTGTGTTa < 1:639193/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |