| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,670,490 | G→C | intergenic (+9/‑70) | unknown → / → unknown | hypothetical protein/Diaminopimelate epimerase (EC 5.1.1.7) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,670,490 | 0 | G | C | 99.1% | 301.9 / ‑5.2 | 106 | intergenic (+9/‑70) | unknown/unknown | hypothetical protein/Diaminopimelate epimerase (EC 5.1.1.7) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (45/60); minor base T (0/1); total (45/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TTGGTGAAGTGCAACATTTAGGCAACGACGAAGCACAAGTGATTATTCGCTAATGAAAAAAATCGTTGTACTCCTTCCGAAGAGGGAACCAATTTGCAAGCGAATTGATGCCTGCAAATCTTCCTTTATAAATGCCGAAATCGTCGGTGTGTTTAGCAATAACGCGGATGCTTTCGGCTTACAACAGGCAAAAAGTGCGGTGAAAAACGACCGCACTTTTTCTTCATATTAAGTATAGAAGCAATCGATTTACTCAACCGACGGGGCTGATTATAATGCTTGCCATCGTTTGAATAATTTAAGGATACACATGCAATTTTCCAAAATGCACGGTTTGGGTAATGATTTTATGGTGGTGGATGCGGTGACACAGAACATTTACTTCCCGACGGAAACCATCAAACGCCTGGCGGATCGCCATCGCGGCGTTGGTTTTGATCAACTATTGGTGGTGGAGCCACCTTATGATCCCGAACTGGATTT > 1/1670250‑1670732 | ttGGTGAAGTGCAACATTTAGGCAACGACGAAGCACAAGTGATTATTCGCTAATGAAAAAAATCGTTGTACTCCTTCCGAAGAGGGAACCAATTTGCAAGCGAATTGATGCCTGCAAATCTTCCTTTATAAATGCCGAAATCGTCGGTGTGTTTAGCAATAACGCGGATGCTTTCGGCTTACAACAGGCAAAAAGTGCGGTGAAAAACGACCGCACTTTTTCTTCATATTAAGTATAGAACCAATCGAttt > 1:779614/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |