| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,633,500 | G→T | A42A (GCC→GCA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,633,500 | 0 | G | T | 95.8% | 243.2 / 1.8 | 96 | A42A (GCC→GCA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base T (52/40); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
CGATTTAGCACATTCGGGGCAATATGCGATGTTTTGCCTCGTTTTCCATGTCTTTTCTTGCGTAAAATAGAATGAATACCTAACGCATTCATCAGTTTTAACACCGTTTTATGATTCAAATGGAAACCCATTTGACGTAGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTAGCCAATAAATGACGAGCGAATGGGAGATTTTATGAAGTTTCGCCACCTCACGGATACCAAAATCCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTAAACGAAATTGGTAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTTGGGGTGCAGAGCAAAGTGCGGTCAAAAAATCCGGTAAAATTTGCATAATTTAAGGACATTAAAATGAAAAAAATAGCATTAG > 1/1633251‑1633739 | cGATTTAGCACATTCGGGGCAATATGCGATGTTTTGCTTCGTTTTCTATGTCTTTTCTTGCGTAAAATAGAATGAATACCTAACGCATTCATCAGTTTTAACACCGTTTTATGATTCAAATGGAAACCCATTTGACGTAGTTTGTTCCGGGATTTCAGTCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAgg < 1:48009/251‑1 (MQ=255) aTTTAGCACATTCGGGGCAATATGCGATGTTTTGCTTCGTTTTCTATGTCTTTTCTTGCGTAAAATAGAATGAATACCTAACGCATTCATCAGTTTTAACACCGTTTTATGATTCAAATGGAAACCCATTTGACGTAGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAgg > 1:210197/1‑249 (MQ=255) aGCACATTCGGGGCAATATGCGATGTTTTGCTTCGTTTTCTATGTCTTTTCTTGCGTAAAATAGAATGAATACCTAACGCATTCATCAGTTTTAACACCGTTTTATGATTCAAATGGAAACCCATTTGACGTAGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAATGCTTTTa > 1:775324/1‑251 (MQ=255) cacaTTCGGGGCAATATGCGATGTTTTGCTTCGTTTTCTATGTCTTTTCTTGCGTAAAATAGAATGAATACCTAACGCATTCATCAGTTTTAACACCGTTTTATGATTCAAATGGAAACCCATTTGACGTAGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAATGCTTTTAGc < 1:492684/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |