| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,610,410 | A→G | E284G (GAA→GGA) | unknown → | Ferric iron ABC transporter, ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,610,410 | 0 | A | G | 98.9% | 240.6 / ‑5.2 | 88 | E284G (GAA→GGA) | unknown | Ferric iron ABC transporter, ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (37/50); total (38/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
ATGAGGCCCTACGTTATGCCGATAAAATCGCGGTGATCCAAGACGGGCGAATTTTACAAATCGCTGATCCGCACACCCTTTATCACGCTCCGCAACACCTCGCTGCCGCTACCTTTATCGGCGATGCCATCACATTACCCGCAACCTTAAATAACGCTTCAAATGCACATTGCCAACTCGGTGATATTCCCATTATCGACAAAAGCGGCGGACATGCTACCGGTACGCTGCTCCTGCGCCCGGAACAATTCAGTCTGCTAAAAACACCGAAAAAACCCACCGCACTTTTTAACGCGATTATTAAACAGGCAGAGTTTAGAGGCAAAACAACCATTGCTCAGATTAA‑GGTAAATGGAGTGGAAGTGAATTTAGAAGAGCGTTATAGCGAGGGATTACGTGTTGGTGAAGAAGTTGAGATTTATTTATATGGCGAAGGGTTATTTTATGAATAATCGGCGGATTCCCGGCTTACTTAAATCCGGATTGTTA > 1/1610167‑1610655 | aTGAGGCCCTACGTTATGCCGATAAAATCGCGGTGATCCAAGACGGGCGAATTTTACAAATCGCTGATCCGCACACCCTTTATCACGCTCCGCAACACCTCGCTGCCGCTACCTTTATCGGCGATGCCATCACATTACCCGCAACCTTAAATAACGCTTCAAATGCACATTGCCAACTCGGTGATATTCCCATTATCGACAAAAGCGGCGGACATGCTACCGGTACGCTGCTCCTGCGCCCGGGACAATTc < 1:330779/251‑1 (MQ=255) 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cTCGCTGCCGCTACCTTTATCGGCGATGCCATCACATTACCCGCAACCTTAAATAACGCTTCAAATGCACATTGCCAACTCGGTGATATTCCCATTATCGACAAAAGCGGCGGACATGCTACCGGTACGCTGCTCCTGCGCCCGGGACAATTCAGTCTGCTAAAAACACCGAAAAAACCCACCGCACTTTTTAACGCGATTATTAAACAGGTAGAGTTTAGAGGCAAAACAACCATTGCTCAGATTAA‑GGt < 1:871239/251‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCGATGCCATCACATTACCCGCAACCTTAAATAACGCTTCAAATGCACATTGCCAACTCGGTGATATTCCCATTATCGACAAAAGCGGCGGACATGCTACCGGTACGCTGCTCCTGCGCCCGGGACAATTCAGTCTGCTAAAAACACCGAAAAAACCCACCGCACTTTTTAACGCGATTATTAAACAGGTAGAGTTTAGAGGCAAAACAACCATTGCTCAGATTAA‑GGTAAATGGAGTGGAAg < 1:536509/251‑1 (MQ=255) tCGGCGATGCCATCACATTACCCGCAACCTTAAATAACGCTTCAAATGCACATTGCCAACTCGGTGATATTCCCATTATCGACAAAAGCGGCGGACATGCTACCGGTACGCTGCTCCTGCGCCCGGGACAATTCAGTCTGCTAAAAACACCGAAAAAACCCACCGCACTTTTTAACGCGATTATTAAACAGGTAGAGTTTAGAGGCAAAACAACCATTGCTCAGATTAA‑GGTAAATGGAGTGGAAGTGAAt < 1:862434/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |