| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,549,499 | C→A | G305G (GGC→GGA) | unknown → | Exopolyphosphatase (EC 3.6.1.11) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,549,499 | 0 | C | A | 98.8% | 227.3 / ‑4.4 | 83 | G305G (GGC→GGA) | unknown | Exopolyphosphatase (EC 3.6.1.11) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (38/44); total (39/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CATCAGGAACAATCAAAACCGTGCATCAAGTAATTTACGAAAATATCGATCCCAACGGCACCATCACGGCGCCCCGCTTAGACCAATTGATTGAACAAACTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGCGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAATATCGATCAGGCACAGGCAGAGCGGGTGTATCAAAGCGCGGTTTTATTGTTTAATCAATATAATGCCTGGCAAAACACCGAGCTAATTCCGGAAATGCAGGATGTGCTTTTTTGGGCAGCGCGTTTGCATGAAGTGGGCATTGTG > 1/1549261‑1549739 | catcaGGAACAATCAAAACCGTGCATCAAGTAATTTACGAAAATATCGATCCCAACGGCACCATCACGGCGCCCCGCTTAGACCAATTGATTGAACAAACTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGaa > 1:883546/1‑251 (MQ=255) aaTCAAAACCGTGCATCAAGTAATTTACGAAAATATCGATCCCAACGGCACCATCACGGCGCCCCGCTTAGACCAATTGATTGAACAAACTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTaa > 1:164803/1‑248 (MQ=255) aaTCAAAACCGTGCATCAAGTAATTTACGAAAATATCGATCCCAACGGCACCATCACGGCGCCCCGCTTAGACCAATTGATTGAACAAACTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGt > 1:240233/1‑251 (MQ=255) aCCGTGCATCAAGTAATTTACGAAAATATCGATCCCAACGGCACCATCACGGCGCCCCGCTTAGACCAATTGATTGAACAAACTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGt > 1:479635/1‑249 (MQ=255) 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1:476345/1‑251 (MQ=255) cTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAATATCGATcaggcacag > 1:744407/1‑251 (MQ=255) cTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAATATCGATcaggcacag > 1:515552/1‑251 (MQ=255) cTTTACAACATTCCCATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAATATCGATcaggcacag > 1:601638/1‑251 (MQ=255) 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1:112148/251‑1 (MQ=255) cATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGTAGCGCACCGCACTAgtt > 1:674854/1‑202 (MQ=255) cATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGt > 1:784687/1‑204 (MQ=255) cATTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAATATCGATCAGGCACAGGCAGAGCGGGTGTa > 1:297405/1‑251 (MQ=255) aTTTTAACCAACTGAAATTCAACGGTTTAAACCCTGACCGTGCCGATGTTTTTGTGCCGGGATTAGCGATTTTAAGCGCGGTTTTTGAAAATTTTCACATTGAAAAAATGCGCTATTCCGACGGAGCATTGCGCGAAGGCGTAATGTACAGTCTGGAGCAAAATTTTCAGGT‑‑‑CAACAATATTCGGGAGCGCACCGCACTAGGTTTGGCGGAGCAATTTAatat 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |