| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 290,823 | T→C | intergenic (‑55/+552) | unknown ← / ← unknown | Bores hole in peptidoglycan layer allowing type IV secretion complex assembly to occur (VirB1)/tRNA‑Cys‑GCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 290,823 | 0 | T | C | 100.0% | 204.1 / NA | 71 | intergenic (‑55/+552) | unknown/unknown | Bores hole in peptidoglycan layer allowing type IV secretion complex assembly to occur (VirB1)/tRNA‑Cys‑GCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/42); total (29/42) | |||||||||||
TTTTTTTAGCTTCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCATCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTCTAACGATTGATCCATATT > 1/290582‑291065 | tttttttAGCTTCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGc < 1:278218/251‑1 (MQ=255) cTTCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATaa < 1:213763/249‑1 (MQ=255) ttCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGa < 1:781788/251‑1 (MQ=255) ttCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGa < 1:730719/251‑1 (MQ=255) gTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAAt > 1:828113/1‑251 (MQ=255) aTCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTAt > 1:526500/1‑250 (MQ=255) tCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCt < 1:238100/251‑1 (MQ=255) aTGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAAc < 1:391124/251‑1 (MQ=255) aTTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAg > 1:317684/1‑246 (MQ=255) ttcttGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGa < 1:542298/224‑1 (MQ=255) tgtTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGc < 1:833443/251‑1 (MQ=255) gtTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATa > 1:90725/1‑200 (MQ=255) gtTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGAAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATg > 1:809628/1‑249 (MQ=255) gTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGc > 1:9712/1‑194 (MQ=255) ttGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCatat < 1:49973/251‑1 (MQ=255) aaGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAAt < 1:2113/251‑1 (MQ=255) agGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATAc < 1:80350/250‑1 (MQ=255) agGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATAc < 1:145920/250‑1 (MQ=255) aTTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAg > 1:13475/1‑200 (MQ=255) gCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAg > 1:707129/1‑184 (MQ=255) gCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGttt > 1:208997/1‑251 (MQ=255) cATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGc > 1:741022/1‑158 (MQ=255) aaGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGGCCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAgg < 1:849961/251‑1 (MQ=255) ggATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAAc < 1:866067/176‑1 (MQ=255) ggATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGttt < 1:338902/193‑1 (MQ=255) ggATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGttt < 1:95462/193‑1 (MQ=255) ggATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTg < 1:220615/221‑1 (MQ=255) gATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTa < 1:620312/169‑1 (MQ=255) gATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCtttt > 1:165890/1‑233 (MQ=255) ttATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGtt > 1:679157/1‑189 (MQ=255) ttATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCatat > 1:225365/1‑208 (MQ=255) ttATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATAc < 1:432446/216‑1 (MQ=255) tataTGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTg < 1:366238/251‑1 (MQ=255) atatGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTg > 1:325197/1‑250 (MQ=255) gCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATc < 1:874300/161‑1 (MQ=255) gAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAAt < 1:508554/126‑1 (MQ=255) gAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGAt > 1:847097/1‑229 (MQ=255) aaTTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTctaaact < 1:575410/251‑1 (MQ=255) aaTTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTctaaact < 1:891914/251‑1 (MQ=255) tGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGc > 1:690847/1‑124 (MQ=255) tGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGc < 1:148671/124‑1 (MQ=255) cGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATaa > 1:676120/1‑129 (MQ=255) cGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCt < 1:624344/142‑1 (MQ=255) gtgtTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATg < 1:224594/161‑1 (MQ=255) gtgtTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAAc > 1:489676/1‑227 (MQ=255) aaTGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGaa < 1:376897/172‑1 (MQ=255) cTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAgg < 1:846868/197‑1 (MQ=255) cTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTctaaact < 1:850648/222‑1 (MQ=255) aTTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAAtata < 1:464239/105‑1 (MQ=255) aTTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATAc > 1:586898/1‑165 (MQ=255) aTTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAAc > 1:597473/1‑210 (MQ=255) aTTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATgaaga < 1:47630/238‑1 (MQ=255) aTTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCcatca > 1:50872/1‑251 (MQ=255) cAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAg < 1:76196/250‑1 (MQ=255) aGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTaa > 1:15669/1‑251 (MQ=255) cTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTGTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAAc < 1:669752/251‑1 (MQ=255) ccATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCg < 1:800648/172‑1 (MQ=255) ccATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCcatc > 1:287387/1‑219 (MQ=255) ccATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCaa > 1:712390/1‑241 (MQ=255) aTTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAAc > 1:87453/1‑177 (MQ=255) aaaTAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCatta > 1:68277/1‑218 (MQ=255) cTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATC‑‑ATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTc < 1:4687/251‑1 (MQ=255) aGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAatat > 1:157033/1‑44 (MQ=255) aGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGt < 1:480694/200‑1 (MQ=255) ttAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGt < 1:196122/251‑1 (MQ=255) tAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTc < 1:681829/251‑1 (MQ=255) gTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTg < 1:113440/131‑1 (MQ=255) gTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGaataaata < 1:519727/214‑1 (MQ=255) gTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTCTAACGAt > 1:713978/1‑251 (MQ=255) gTATTTAGAGATAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTCTAACGAt > 1:212632/1‑251 (MQ=255) tAATGCCACCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTCTAACGATTGATCCATAtt < 1:640535/251‑1 (MQ=255) | TTTTTTTAGCTTCAAGTTCATCTATGACTAATTCTGCTTCTTGGAGTGTTTTAGGCTGTTGAGCAAGAGGAATATCATTTACTACTGCGATAGCATAAGGATTATATGAGCTTTCTGTTTGAATTAATGCGTGAAGTGTTTCAATGTGAACTATTGTTGAGCAAGCTAATAAAATTTCAGGGACCATTAAATAGCAATCTTTTGTTATTACAAGTTAGGACGGTATTTAGAGATAATGCCATCAATAAGGCAATATAAAGATCAATTATCTAACAGGACGACCTTTTGTTTTAATGCTAACAATCATATTAGAATACTGACCGGGATCTTTTAAAACCGGTTTAAGGATACTGCGTTTAAACTCTCTAAACTAAAATCAGAATATGAAGAACTTTCTCCATCATTATTAAGTAAACTTTTTCAATTTGAATAAATAGGGTTGAACATATTCAATAAATACTAAGTCTAACGATTGATCCATATT > 1/290582‑291065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |