| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,487,102 | T→C | G85G (GGT→GGC) | unknown → | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,487,102 | 0 | T | C | 100.0% | 161.4 / NA | 57 | G85G (GGT→GGC) | unknown | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (12/45); total (12/45) | |||||||||||
AATAAGAAGGGAGCATCAACCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTTTATTTCTTTGTCGTATTCCTAATTCTAGAATTCTGTCGTATATCTATTACAACTGCGTACTGGGACTTGGCTATCACTGAAAGTGCAAGAATTGCTAAAAATAGAACTGCAGAGGGTAATGATTATGCGGTAGAATTTGAGAAAGCTCTAAAACAACAGCTTGTTTATCAAGAATCTTCAACTTTAGGTTATCTCGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTACAAGATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGTTCTTGTGTTAAGTCTTTATTGGATGGTAGGTTTAGACGGCCTACTAAAGATAGAGACGGTAAGATTATACCCCCC‑AATGGTCGGTTAGCAACATTGGCTGTATATTCATTGACCTACAATTATGAGTTTCTGGTTTCACTGCCATTTTTACCTAAGGATAGTGTTGGCGG > 1/1486866‑1487344 | aaTAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTATTCTTAATTCTAGAATTCTGCCGTATATCTATTACCACTGCATATTGGGATTTAGCCATAACTGAAAGTGCAAGGATCGCTAAAAACAGAACGGCGGAAGGTAACGATTATGCTGCAGAATTTGAAAAAGCTCTAAAACAACAACTTATTTATCAAGAAACCTCAACTATAGGCTATCTTGCCCGttt > 1:111173/1‑251 (MQ=255) 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actatAGGCTATCTTGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTATGAAATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGCTCTTGTATTAAATCTTTATTAGATGGTAAGTTTAGGCAGCCTACAAAAGACAGAAACGGTAATATTATACCCCCC‑AAt < 1:856712/155‑1 (MQ=255) actatAGGCTATCTTGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTATGAAATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGCTCTTGTATTAAATCTTTATTAGATGGTAAGTTTAGGCAGCCTACAAAAGACAGAAACGGTAATATTATACCCCCC‑AATGGtagg < 1:450764/161‑4 (MQ=255) actatAGGCTATCTTGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTATGAAATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGCTCTTGTATTAAATCTTTATTAGATGGTAAGTTTAGGCAGCCTACAAAAGACAGAAACGGTAATATTATACCCCCC‑AATGGTAGGTTAGCAACATTGGCTGTGTATTCATTAACCTACAAGTATGAATTTTTGGTTTCGCTGCCATTTTTAc < 1:163409/228‑1 (MQ=255) ctatAGGCTATCTTGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTATGAAATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTgag > 1:86874/4‑77 (MQ=255) atAGGCTATCTTGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTATGAAATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGCTCTTGTATTAAATCTTTATTAGATGGTAAGTTTAGGCAGCCTACAAAAGACAGAAACGGTAATATTATACCCCCC‑AATGGTAGGTTAGCAACATTGGCTGTGTATTCATTAACCTACAAGTATGAATTTTTGGTTTCGCTGCCATTTTTACCTAGGGATaacgttagcag < 1:483397/247‑11 (MQ=255) | AATAAGAAGGGAGCATCAACCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTTTATTTCTTTGTCGTATTCCTAATTCTAGAATTCTGTCGTATATCTATTACAACTGCGTACTGGGACTTGGCTATCACTGAAAGTGCAAGAATTGCTAAAAATAGAACTGCAGAGGGTAATGATTATGCGGTAGAATTTGAGAAAGCTCTAAAACAACAGCTTGTTTATCAAGAATCTTCAACTTTAGGTTATCTCGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTACAAGATTGATGTTAAATATGTTGATTGTGGTAGTGAGAGTTCTTGTGTTAAGTCTTTATTGGATGGTAGGTTTAGACGGCCTACTAAAGATAGAGACGGTAAGATTATACCCCCC‑AATGGTCGGTTAGCAACATTGGCTGTATATTCATTGACCTACAATTATGAGTTTCTGGTTTCACTGCCATTTTTACCTAAGGATAGTGTTGGCGG > 1/1486866‑1487344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |