| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,486,923 | G→A | V26I (GTC→ATC) | unknown → | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,486,923 | 0 | G | A | 100.0% | 128.0 / NA | 48 | V26I (GTC→ATC) | unknown | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (21/27); total (21/27) | |||||||||||
GTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAATGCTCTCAAAAAAACTGAACGCGTATCTAATAATATCGCCAGATAAAAAAAGGTTCTAT‑AATGAAAAAATTCCTATCGAATAAGAAGGGAGCATCAACCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTTTATTTCTTTGTCGTATTCCTAATTCTAGAATTCTGTCGTATATCTATTACAACTGCGTACTGGGACTTGGCTATCACTGAAAGTGCAAGAATTGCTAAAAATAGAACTGCAGAGGGTAATGATTATGCGGTAGAATTTGAGAAAGCTCTAAAACAACAGCTTGTTTATCAAGAATCTTCAACTTTAGGTTATCTCGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTACAAGATTG > 1/1486679‑1487142 | gtttgatACACAATCTAGTCTTTGCTTTAGTCAAGAATAACGAAATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAACACATCCCCTGATGATTTAGTTAATGCCCTCAAGAAAACTGAACGCGTGTCTAGTAATATCACCAGAT‑‑AAAAAGGTTCTGTAAATGGAAAAATTCCTATCAAATAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTAtt > 1:128473/7‑251 (MQ=255) 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1:423956/251‑4 (MQ=255) gtCTAGTAATATCACCAGAT‑‑AAAAAGGTTCTGTAAATGGAAAAATTCCTATCAAATAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTATTCTTAATTCTAGAATTCTGCCGTATATCTATTAccac < 1:81610/153‑4 (MQ=255) gtCTAGTAATATCACCAGAT‑‑AAAAAGGTTCTGTAAATGGAAAAATTCCTATCAAATAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTATTCTTAATTCTAGAATTCTGCCGTATATCTATTACCACTGCATATTGGGatttagcca < 1:857768/173‑9 (MQ=255) gtaataTCACCAGAT‑‑AAAAAGGTTCTGTAAATGGAAAAATTCCTATCAAATAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTATTCTTAATTCTAGAATTCTGCCGTATATCTATTACCACTGcatatt < 1:520550/156‑6 (MQ=255) gtaataTCACCAGAT‑‑AAAAAGGTTCTGTAAATGGAAAAATTCCTATCAAATAAAAAGGGAGCGTCAGCCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTCTATTTCTTTATCGTATTCTTAATTCTAGAATTCTGCCGTATATCTATTACCACTGCATATTGGGATTTAGCCATAACTGAAAGTGCAAgga > 1:632849/2‑185 (MQ=255) 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GTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAATGCTCTCAAAAAAACTGAACGCGTATCTAATAATATCGCCAGATAAAAAAAGGTTCTAT‑AATGAAAAAATTCCTATCGAATAAGAAGGGAGCATCAACCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTTTATTTCTTTGTCGTATTCCTAATTCTAGAATTCTGTCGTATATCTATTACAACTGCGTACTGGGACTTGGCTATCACTGAAAGTGCAAGAATTGCTAAAAATAGAACTGCAGAGGGTAATGATTATGCGGTAGAATTTGAGAAAGCTCTAAAACAACAGCTTGTTTATCAAGAATCTTCAACTTTAGGTTATCTCGCCCGTTTGGATAAAAATGGCGGTTACAAGATTG > 1/1486679‑1487142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |