| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,486,783 | A→G | I238V (ATT→GTT) | unknown → | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,486,783 | 0 | A | G | 98.7% | 213.2 / ‑5.2 | 76 | I238V (ATT→GTT) | unknown | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (31/44); total (31/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATATAAATAAAGCCCGCGAGTATTTTTTAAACGATGCTGTAGCGGTAAACAATCTTGCTATGCTAAGTATCGTCAACGGAGATTATCGTAATGCCGTTTCATTGTTATTACCTCAGTATTTAAATGGGGTTAGGGAACAGCGTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAATGCTCTCAAAAAAACTGAACGCGTATCTAATAATATCGCCAGATAAAAAAAGGTTCTAT‑AATGAAAAAATTCCTATCGAATAAGAAGGGAGCATCAACCGTTGAGTTTGCCTTGACGGTTGTATTTTATTTCTTTGTCGTATTCCTAATTCTAGAATTCTGTCGTATATCTATTACAACTGCGTACTGGGACTTGGCTATCACTGAAAGTGCAAGAATTGCTAAAAATAGAA > 1/1486537‑1487019 | gATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATTATTATTGCCTCAGTATTTAAATGGAGTTAGGGAACAGCGTTTGATACACAATCTAGTCTTTGCTTTAGTCAAGAATAACGAAATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAACACATCCCCTGATGATttagttaa > 1:675143/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |